科研产出
三倍体茶树'西莲1号'叶绿体基因组特征及系统发育分析
《茶叶通讯 》 2023
摘要：三倍体茶树品种‘西莲1号’是桑植白茶产业发展的主推品种，与湖南现有茶树品种相比具有很强的特异性。为揭示‘西莲1号’的分类和演化地位，项目采用叶绿体（Chloroplast,cp）全基因组测序技术进行了‘西莲1号’全基因组测序，并对其所有的SSR标记进行了开发与筛选。结果表明：（1）‘西莲1号’叶绿体基因组全长为157 038 bp,GC含量为37.30%，为一个四分体结构，包括1个大的单拷贝（LSC）、一个小的单拷贝（SSC）和一对反向重复序列（IR），长度分别为86 612 bp、18 282 bp和26 072 bp。cpDNA共注释得到132个基因，其中unigenes有114个，包含80个编码基因，30个tRNA基因和4个rRNA基因。（2）共鉴定出245个简单序列重复（SSR），通过筛选有15个SSR具有较高的多态性。获得了cpDNA基因组20个氨基酸的偏好密码子，‘西莲1号’密码子偏好以A/T碱基结尾。（3）基因选择压力分析表明，与茶组其他资源相比，6个基因（accD、ndhC、petB、rpl16、rpoC1、rpoC2）可能处于正选择状态。（4）基于叶绿体基因组序列构建了基于22份茶组植物的系统发育树，聚类结果显示‘西莲1号’与其他栽培型茶树品种（Camellia sinensis var. sinensis）处于系统发育树的末端，属于进化的茶树资源类型。
关键词： 茶树 三倍体 叶绿体基因组 基因组测序 系统发育关系 叶绿体SSR ‘西莲1号’
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基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究
《茶叶科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数F_(IS)为正值(F_(IS)=0.177 5),群体间的遗传分化系数F_(ST)较小(F_(ST)=0.034 5),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbc L)、704 bp(mat K)和320 bp(psb H-trn A)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.001 39。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。
关键词： 茶树 城步峒茶 nSSR cpDNA 遗传多样性 群体结构
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江华苦茶的亲缘关系与遗传多样性研究
《茶叶通讯 》 2019
摘要：采用荧光SSR分子标记与cpDNA序列分析技术相结合的方法,对江华苦茶4个自然居群的32份资源进行遗传多样性、亲缘关系和遗传分化研究.结果表明:cpDNA变异率约为0.78%,分为5个单倍型,单倍型多样性为Hd=0.726,核苷酸多样性为 π=0.00233,遗传多样性较高;H3是基础的单倍型,H4和H5之间只有一个位点的差异,亲缘关系最近;居群遗传分化系数较高(FST=0.26019),基因流较低(Nm=0.71),cpDNA变异主要在居群内(89.29%),居群间遗传分化程度较低;中性检测和失配分析结果表明江华苦茶没有发生扩张事件.荧光SSR分子标记Ho、He和Nei分别为0.56、0.65和0.64,遗传多样性较高;3号和27号样品与其他样品相似度低于75%,4、8、13、16、17、20、21、31、32相互之间相似度高于85%,亲缘关系最近;群体间的遗传分化系数较小(FST=0.0971),基因流较高(Nm=2.3254),核基因遗传变异主要出现在居群内(90.98%),居群间遗传分化程度较低.
关键词： 江华苦茶 SSR cpDNA 遗传多样性 亲缘关系 遗传分化
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基于叶绿体rbcL和trnH-psbA序列的湖南茶树资源遗传多样性与亲缘关系研究
《热带作物学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：DNA序列分析在物种进化、亲缘关系、遗传多样性研究中得到了广泛应用。采用筛选的叶绿体rbc L序列和trn H-psb A序列对湖南新收集的26份茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。结果表明:扩增的序列在去除边缘不准确的部分后,分别获得了582 bp(rbc L)和426 bp(trn H-psb A)的片段序列,rbc L序列的变异位点共27个,占扩增位点数的5.15%,trn H-psb A序列的变异位点共134个,占扩增总位点数的31.46%。rbc L序列在26个参试材料中共产生17个单倍型,Hd和π分别为0.961和0.008 32,trn H-psb A序列共产生26个单倍型,Hd和π分别为0.998和0.046 79,收集的茶树资源具有较高的遗传多样性。采用MEGA 6.0软件按照UPGMA法分别对rbc L序列和trn H-psb A序列构建了分子系统树,各序列对参试材料的聚类结果有一定差异,rbc L序列和trn H-psb A序列在自展数值大于50%情况下分别将参试材料分为了3个类群和4个类群。参试资源除部分江华苦茶由于亲缘关系较近而聚在一起外,大部分资源都单独形成1个分支,彼此间亲缘关系较远。
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茶组植物种间关系的cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列分析
《西南农业学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：【目的】DNA序列分析在物种系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力。【方法】本研究对来源于cpDNA、rDNA ITS和mtDNA序列的15对引物在茶组植物的5种2变种共16份资源中进行了种间关系研究。【结果】在15对引物中,来自cpDNA的6对引物有5对完成了扩增与测序,来自rDNA ITS的3对引物均未得到单一目的片度,来自mtDNA序列的6对引物中,共有4对完成了扩增与测序。对在种间存在位点差异的8对引物序列比对:序列长度最长的为390F-1326R(859 bp),最短的为orf25(446 bp);品种间变异位点最多的为rbcla-rev(24个),最少的为nad4L/orf25(2个)。位点变异率最高的为rbcla-rev(4.76%),最低为nad4L/orf25(0.37%),cpDNA的碱基变异率平均值(2.91%)要远高于mtDNA(0.55%);8对引物在茶变种内发生变异的位点共有9个,占总位点数的0.19%;不同变种间发生变异的位点有90个,占总位点数的1.85%;将8对引物测序得到的序列拼接,按照MP法构建了分子系统树,可以将参试的16份茶树资源分为3大类。【结论】本研究为DNA序列分析在茶组植物中的应用提供了参考。
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江华苦茶不同单株间亲缘关系的cpDNA序列分析
《茶叶通讯 》 2017
摘要：DNA序列分析在物种的系统进化、分类和鉴定等方面展示出了强大的生命力,其中cpDNA序列分析因具有基因组小、进化速率适中、母系遗传等特点,已被大量用于系统进化研究。本研究采用4对cpDNA引物对收集来的32份江华苦茶资源进行了亲缘关系研究,其中有3对测序成功。扩增序列长度分别为634(1F-724R)、499(rbcla-rev)、532(rbcla-ajf634)。变异位点数量分别为5(1F-724R)、4(rbcla-rev)、4(rbcla-ajf634)。变异率从高到低分别是rbcla-rev(0.80%)、1F-724R(0.79%)、rbcla-ajf634(0.75%)。将3对引物测序得到的序列拼接,按照MP法构建了分子系统树,将参试的32份茶树资源分为4大类。本研究为江华苦茶亲缘关系研究开辟了一条新途径,为江华苦茶资源的应用和保护研究提供理论参考。
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