科研产出
基于SNP芯片的油菜核心种质遗传多样性分析
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为揭示湖南省油菜种质资源库中核心种质的遗传多样性，本研究利用油菜组60K基因芯片对266份甘蓝型油菜品系及其10份近缘种品系10份进行全基因组SNP位点分析，原始数据通过Visual Basic软件筛选，利用Powermarker软件计算SNP位点PIC值和供试材料的遗传距离、聚类分析。结果表明：根据SNP标记缺失率和染色体分布均匀度共筛选到24 593个SNP位点，平均每条染色体分布1 294个多态性位点，位点的Nei’s基因多样性指数（H）、主要等位基因频率（MAF）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.401、0.688 3、0.316;276份供试材料间遗传距离在0.000 1～0.477之间，平均为0.329 6,Kinship值为0的占71.49%；供试材料可分成5个大类，其中最大类（含有250份种质）又可分为9个亚类，供试材料的类群分布与种质类型、地理来源一致。研究结果表明供试育种亲本种质遗传多样性丰富，可更客观反映供试材料的亲缘关系，为种质资源的育种利用提供理论依据。
关键词： 油菜 近缘种品系 单核苷酸多态性（SNP） 遗传多样性 聚类分析
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玉竹主要栽培品种遗传多样性研究
《中药材 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：目的:研究中药材玉竹栽培种的遗传多样性,为玉竹品种资源保护及利用提供依据.方法:收集湘玉竹及其他产地玉竹栽培种资源,以黄精属37种植物和同科植物竹根七为近源物种,利用叶绿体基因条形码psbA-trnH序列进行基原鉴定,并结合基于基因分型测序(Genotyping-by-Sequencing,GBS)的单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)对主要栽培种进行遗传多样性分析.结果:玉竹Polygonatum odoratum与其他品种的psbA-trnH序列存在一定差异,但湘玉竹Y1~Y6栽培品种间差异不明显.基于SNP位点的遗传分析,能将玉竹不同栽培种进行更好地区分,分群特征与栽培选择历史及植物形态有明显相关.结论:湘玉竹栽培种遗传相似度较高,基于SNP位点分析对玉竹栽培种有一定鉴别能力,为玉竹栽培种的基原鉴定和品种选育提供遗传信息.
关键词： 玉竹 psbA-trnH序列 基因分型测序(GBS) 遗传多样性
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DNA条形码在黄精属药用植物鉴定与遗传多样性分析中的应用
《植物科学学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：黄精属(Polygonatum)的许多物种具有重要的药用价值,但目前缺乏能够准确、高效地鉴定黄精属药用植物的DNA条形码.本研究通过对ITS、trnK-matK、rbcL、psbA-trnH和psbK-psbl序列进行扩增和测序,并从ITS序列中提取ITS2序列,共获得黄精属7个药用物种23份样品的138条序列.进一步比较6个DNA条形码对黄精属药用植物的鉴定效率,并验证所筛选条形码的可靠性.结果显示:trnK-matK的种内和种间变异重合少且有较明显的条形码间隙,其他5个序列的种内和种间变异重合多且无条形码间隙;BLAST结果表明trnK-matK的鉴定效率最高(85.7%),系统发育树显示trnK-matK的鉴定能力最强,能将全部12个多花黄精样品聚在一支,并能区分黄精、滇黄精、玉竹、点花黄精和湖北黄精;AMOVA分析结果揭示trnK-matK的群体遗传分化指数(Fst)最高,适用于区分黄精属物种间差异.因此,trnK-matK最适用于黄精属药用植物的分子鉴定.
关键词： 黄精属 DNA条形码 遗传多样性 ITS matK rbcL psbA-trnH psbK-psbl
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湖南莽山茶树种质资源调查与品质性状的遗传多样性分析
《植物遗传资源学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了解湖南莽山茶树资源遗传多样性,本研究调查和收集了33份湖南莽山茶树资源,对其中的24份资源进行了生物学性状考察,27份资源进行了品质成分分析。结果表明,24份资源树型多为小乔木,树姿多为直立状,芽叶多为无茸毛或少茸毛,芽叶色泽淡绿色或黄绿色,叶色绿色或深绿,叶片锯齿密度中或稀、锐度中,叶缘平,叶面微隆起,叶尖渐尖,叶质中,12个性状的变异系数为38.07%～77.90%,平均值为58.70%,遗传多样性指数为0.51～1.05,平均值为0.81。27份资源的18项品质成分变异系数在4.86%～71.32%之间,平均值为28.29%;多样性指数在1.59～2.03之间,平均值为1.86;主成分分析表明,前5个主成分累计贡献率达84.36%;通过聚类分析将27份资源聚为5大类群,类群Ⅰ含15份资源并分为了2个亚群,类群Ⅱ含5份资源,类群Ⅲ含5份资源,类群Ⅳ和类群Ⅴ各包含1份资源;初步筛选出1份低咖啡碱资源和3份高咖啡碱资源。本研究为湖南莽山茶树资源挖掘与利用以及湖南茶树演变研究奠定了基础。
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黄金茶种质资源生化成分的多样性分析
《江苏农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了给黄金茶种质资源鉴定、评价和茶树品种选育提供数据和材料基础,对25份黄金茶种质资源的水浸出物、茶多酚、氨基酸、咖啡碱、茶氨酸等生化成分含量进行检测,结合聚类分析和主成分分析,对黄金茶种质资源主要生化成分统计参数的遗传多样性进行鉴定、评价。结果表明,黄金茶种质资源生化成分具有丰富的遗传多样性,平均遗传多样性指数为2.74,变异系数为5.73%～19.58%;基于生化成分,将25份种质资源分为Ⅰ、Ⅱ2个类群,这2个类群在茶多酚含量、水浸出物含量和酚氨比上存在显著差异,Ⅰ类群茶多酚含量比Ⅱ类群高;主成分分析的前3个主成分代表了生化成分多样性92.67%的信息,第1主成分得分为正的资源被归为Ⅰ类群,得分为负的资源被归为Ⅱ类群。初步筛选出1份高氨基酸含量资源,3份高茶多酚含量资源。
关键词： 茶树 种质资源 遗传多样性 生化成分 主成分分析 聚类分析
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镉低积累水稻资源的镉积累稳定性及遗传相似性分析
《植物遗传资源学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：以9311为高镉对照,湘晚籼12号为相邻低镉对照,2014-2017年经田间鉴定筛选出的15份镉低积累水稻资源为参试材料,鉴定精米的相对降镉率并筛选出年度间相对降镉率差异不显著的资源;采用45对SSR引物检测15份资源的遗传多样性,提出遗传距离大且相对降镉率高的育种可用资源.2018年试验结果表明,15份低镉水稻资源的精米镉含量都低于湘晚籼12号,相对降镉率大于50%的有10份,变幅为50.8%~83.5%;小于50%的有5份,变幅为1.9%~49.8%;2019年试验结果表明,7份生育期相近的资源,相对降镉率都大于50%,变幅为60.1%~78.7%;2年试验结果的综合分析表明,4份低镉资源BS82、X211、7W172、7W216的镉积累在年度间无显著性差异,且相对降镉率都在50%以上.15份镉低积累资源总体遗传多样性较为丰富(Na=4.311、Ne=3.257、Ho=0.041、He=0.657、I=1.207、Nei′s=0.639、PIC=0.612);遗传相似系数(GS)的平均值为0.377,BS82和X211、BS82和7W172(7W216)、X211和7W172(7W216)的遗传相似系数分别为0.319、0.447、0.426,表明亲缘关系较远.由上说明BS82、X211、7W172、7W216是镉低积累新品种选育的可利用的宝贵资源.
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中国普通野生稻重要农艺性状的遗传多样性研究
《植物遗传资源学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：普通野生稻(Oryza rufipogon Griff.)是水稻(O.sativa L.)的野生近缘种,是水稻遗传改良的重要资源.本研究以覆盖除云南外的中国普通野生稻分布区的1777份种质资源为对象,进行抽穗期、花药长度、粒长、粒宽和粒重5个重要农艺性状的遗传多样性、主成分和方差分析.结果 表明,中国普通野生稻具有丰富的遗传多样性,抽穗期、花药长度、粒长、粒宽和粒重的变异系数分别是6.36%、17.10%、7.32%、8.86%和15.90%,多样性指数分别是1.30、1.47、1.45、1.39和1.33.主成分分析表明第1和第2主成分主要与产量性状有关,累计贡献率达到83.31%;第3主成分主要与抽穗期有关,前3个主成分的累积贡献率约为95.46%.主成分分析结合聚类分析,发现普通野生稻群体可以分成3个类群,类群1主要来自江西和湖南,类群2主要来自于广西和广东大部分区域和福建,类群3主要来自于海南和广东南部区域的湛江市,样品的聚类关系和地理位置成正相关.以地理群为因素对5个重要农艺性状进行方差分析,结果显示花药长度、抽穗期和粒长变异在不同地理群间的变异占总变异的比例分别为69.09%、57.98%和77.56%,而粒宽变异所占比例为6.20%,花药长度、抽穗期和粒长变异在普通野生稻地理群间差异起决定作用.
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基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究
《茶叶科学 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数F_(IS)为正值(F_(IS)=0.177 5),群体间的遗传分化系数F_(ST)较小(F_(ST)=0.034 5),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbc L)、704 bp(mat K)和320 bp(psb H-trn A)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.001 39。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。
关键词： 茶树 城步峒茶 nSSR cpDNA 遗传多样性 群体结构
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江华苦茶的亲缘关系与遗传多样性研究
《茶叶通讯 》 2019
摘要：采用荧光SSR分子标记与cpDNA序列分析技术相结合的方法,对江华苦茶4个自然居群的32份资源进行遗传多样性、亲缘关系和遗传分化研究.结果表明:cpDNA变异率约为0.78%,分为5个单倍型,单倍型多样性为Hd=0.726,核苷酸多样性为 π=0.00233,遗传多样性较高;H3是基础的单倍型,H4和H5之间只有一个位点的差异,亲缘关系最近;居群遗传分化系数较高(FST=0.26019),基因流较低(Nm=0.71),cpDNA变异主要在居群内(89.29%),居群间遗传分化程度较低;中性检测和失配分析结果表明江华苦茶没有发生扩张事件.荧光SSR分子标记Ho、He和Nei分别为0.56、0.65和0.64,遗传多样性较高;3号和27号样品与其他样品相似度低于75%,4、8、13、16、17、20、21、31、32相互之间相似度高于85%,亲缘关系最近;群体间的遗传分化系数较小(FST=0.0971),基因流较高(Nm=2.3254),核基因遗传变异主要出现在居群内(90.98%),居群间遗传分化程度较低.
关键词： 江华苦茶 SSR cpDNA 遗传多样性 亲缘关系 遗传分化
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