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资源类型: 中文期刊
关键词:基因组测序(模糊匹配)
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三倍体茶树'西莲1号'叶绿体基因组特征及系统发育分析

茶叶通讯 2023

摘要:三倍体茶树品种‘西莲1号’是桑植白茶产业发展的主推品种,与湖南现有茶树品种相比具有很强的特异性。为揭示‘西莲1号’的分类和演化地位,项目采用叶绿体(Chloroplast,cp)全基因组测序技术进行了‘西莲1号’全基因组测序,并对其所有的SSR标记进行了开发与筛选。结果表明:(1)‘西莲1号’叶绿体基因组全长为157 038 bp,GC含量为37.30%,为一个四分体结构,包括1个大的单拷贝(LSC)、一个小的单拷贝(SSC)和一对反向重复序列(IR),长度分别为86 612 bp、18 282 bp和26 072 bp。cpDNA共注释得到132个基因,其中unigenes有114个,包含80个编码基因,30个tRNA基因和4个rRNA基因。(2)共鉴定出245个简单序列重复(SSR),通过筛选有15个SSR具有较高的多态性。获得了cpDNA基因组20个氨基酸的偏好密码子,‘西莲1号’密码子偏好以A/T碱基结尾。(3)基因选择压力分析表明,与茶组其他资源相比,6个基因(accD、ndhC、petB、rpl16、rpoC1、rpoC2)可能处于正选择状态。(4)基于叶绿体基因组序列构建了基于22份茶组植物的系统发育树,聚类结果显示‘西莲1号’与其他栽培型茶树品种(Camellia sinensis var. sinensis)处于系统发育树的末端,属于进化的茶树资源类型。

关键词: 茶树 三倍体 叶绿体基因组 基因组测序 系统发育关系 叶绿体SSR ‘西莲1号’

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γ射线辐射诱导水稻突变体的基因组变异分析

激光生物学报 2021 CSCD

摘要:辐射诱变技术广泛应用于水稻种质资源创新。为了明确辐射诱导突变的分子机制,采用二代高通量测序技术对水稻品种黄华占经辐射诱导获得的一个突变体湘辐1821进行全基因组变异分析。与参考序列蜀恢R498相比,在黄华占和湘辐1821中分别检测到758 215和799 434个单核苷酸多态性位点(SNPs),142 313和147 686个插入缺失(In Dels),16 775和18 382个结构变异(SVs)以及16 614和17 658个拷贝数变异(CNVs)。黄华占和湘辐1821的SNPs转换与颠换的比率约为2.5,这两种基因型SNPs以转换为主要类型。在黄华占和湘辐1821的InDels中短序列InDels远多于长序列,说明点突变为主要突变方式。拷贝数减少是黄华占和湘辐1821的主要拷贝数变异方式。同时对黄华占和湘辐1821重测序数据整合差异比较分析,两种基因型的差异SNPs有86 163个,In Dels有88 777个。对差异SNPs位点所在基因进行基因本体(GO)分析,3 092个候选基因中70%位于生物学过程中,该研究结果将对湘辐1821表型分析具有重要参考意义,同时为辐射诱导突变机制提供新的见解。

关键词: 水稻突变体 辐射诱变 基因组测序 DNA多态性 基因本体分析

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