三倍体茶树'西莲1号'叶绿体基因组特征及系统发育分析

刘振; 赵洋; 杨培迪; 成杨; 唐怀廷; 杨阳; 《茶叶通讯 》 2023

摘要：三倍体茶树品种‘西莲1号’是桑植白茶产业发展的主推品种，与湖南现有茶树品种相比具有很强的特异性。为揭示‘西莲1号’的分类和演化地位，项目采用叶绿体（Chloroplast,cp）全基因组测序技术进行了‘西莲1号’全基因组测序，并对其所有的SSR标记进行了开发与筛选。结果表明：（1）‘西莲1号’叶绿体基因组全长为157 038 bp,GC含量为37.30%，为一个四分体结构，包括1个大的单拷贝（LSC）、一个小的单拷贝（SSC）和一对反向重复序列（IR），长度分别为86 612 bp、18 282 bp和26 072 bp。cpDNA共注释得到132个基因，其中unigenes有114个，包含80个编码基因，30个tRNA基因和4个rRNA基因。（2）共鉴定出245个简单序列重复（SSR），通过筛选有15个SSR具有较高的多态性。获得了cpDNA基因组20个氨基酸的偏好密码子，‘西莲1号’密码子偏好以A/T碱基结尾。（3）基因选择压力分析表明，与茶组其他资源相比，6个基因（accD、ndhC、petB、rpl16、rpoC1、rpoC2）可能处于正选择状态。（4）基于叶绿体基因组序列构建了基于22份茶组植物的系统发育树，聚类结果显示‘西莲1号’与其他栽培型茶树品种（Camellia sinensis var. sinensis）处于系统发育树的末端，属于进化的茶树资源类型。

关键词： 茶树 三倍体 叶绿体基因组 基因组测序 系统发育关系 叶绿体SSR ‘西莲1号’