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基于nSSR和cpDNA序列的城步峒茶群体遗传多样性和结构研究

文献类型: 中文期刊

作者: 刘振 1 ; 成杨 1 ; 杨培迪 1 ; 赵洋 1 ; 宁静 1 ; 杨阳 1 ;

作者机构: 1.湖南省农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心湖南分中心农业部湖南茶树及茶叶观测实验站

关键词: 茶树;城步峒茶;nSSR;cpDNA;遗传多样性;群体结构

期刊名称: 茶叶科学

ISSN: 1000-369X

年卷期: 2020 年 02 期

页码: 250-258

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 采用简单重复序列标记(nSSR)与叶绿体DNA序列(cpDNA)分析技术,对城步峒茶群体进行了遗传多样性、遗传结构和遗传分化等研究。结果表明,15对nSSR引物在参试81份资源中共获得142个等位位点,平均每对引物9.47个,城步峒茶群体的观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和Nei期望杂合度(Nei)分别为0.49、0.62和0.62,具有较高的遗传多样性。Structure分析将79份峒茶资源分成3个类群,但各类群的遗传背景较为复杂,没有明显的群体结构。F检验表明,城步峒茶群体的近交系数F_(IS)为正值(F_(IS)=0.177 5),群体间的遗传分化系数F_(ST)较小(F_(ST)=0.034 5),分化程度较低,基因流Nm较高(Nm=7.01)。3对cpDNA引物分别获得了473 bp(rbc L)、704 bp(mat K)和320 bp(psb H-trn A)的片段序列,变异位点占总位点的比例分别为0.42%、0.71%和1.25%。将3个序列依次拼接,共产生了9个单倍型,单倍型数由多到少的居群依次为TXZ(6)、DZC(4)、DPS(4)、TYS(3)、HJZ(2),群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)分别为0.732和0.001 39。9个单倍型中,单倍型H1和H5处于进化网络图的中心节点上,并且包含资源数量最多,属于比较原始的单倍型。同时,nSSR和cpDNA的AMOVA分析结果基本一致,居群内的变异百分比分别达到96.69%和80.54%,城步峒茶的遗传变异主要存在于居群内。

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