科研产出
辣椒EST-SSR位点的鉴定和特征分析
《江苏农业学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：SSR标记因数量丰富、多态性高、重复性好、在基因组上分布均匀,以及呈共显性遗传等特点而被广泛地应用于遗传育种研究[1]。随着功能基因组学的发展,公共序列数据库中的EST(表达序列标签)数量在不断增加,为SSR标记的鉴定和开发提供了丰富的序列资源。对拟南芥、水稻等模式作物基因组的全序列分析结果表明,SSR位点在转录区的发生频率要远高于非转录区[2-3]。因此,利用EST序列开发SSR标记,具有开发过程简单、成本低、效率高等优点[4]。
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湖南甘薯品种遗传多样性的SSR分析
《湖南农业科学 》 2011
摘要：利用SSR分子标记对来自湖南31份甘薯品种进行遗传多样性分析,探讨了湖南甘薯地方品种与育成品种之间的遗传多样性。结果表明:12对SSR引物扩增出74个等位基因位点,平均每对引物获得6个等位基因位点。湖南甘薯育成品种间遗传距离为0.272 7～0.894 7,平均0.511 5;湖南甘薯地方品种间遗传距离为0.288 1～0.814 8,平均0.524 0;湖南甘薯育成品种与地方品种间遗传距离为0.288 1～0.703 7,平均0.516 7。表明湖南甘薯品种遗传多样性丰富。
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16个茶树品种(系)遗传多样性及遗传结构的SSR标记分析
《湖南农业科学 》 2011
摘要：利用32对SSR引物对湖南省茶叶研究所选育的16个茶树品种(系)进行了遗传多样性和遗传结构分析。结果表明:32对引物共检测到等位位点88个,每个引物为2～4个,平均2.75个;遗传多态性信息含量(PIC)在0.12～0.80之间,平均值为0.55。观测杂合度(Ho)在0.11～0.94之间,平均值为0.58;期望杂合度He大小在0.25～0.84之间,平均值为0.62;群体的Shannon指数最小为0.40,最大为1.88,平均值为1.11。湖南省茶叶研究所选育的茶树品种(系)间具有相对较高的遗传多样性。基于SSR数据以SAHN邻接法对供试品种(系)进行UPGMA遗传相似性聚类,并绘制树状聚类图,按相似系数为0.55可将参试的16份茶树品种(系)分为三大类。
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湖南省主要茶树品种分子指纹图谱的构建
《茶叶科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：建立茶树品种分子指纹图谱对茶树资源鉴别、品种权益保护、苗木纯度检测等具有重要意义。采用17个SSR标记对湖南省主要茶树品种尝试构建了分子指纹图谱,提出了构建茶树分子身份证的方法模式。17对SSR引物共检测出41个等位位点,每个引物检测到的等位位点变化范围为2～3个,平均2.4个。根据茶树SSR标记带型特点,将扩增得到的1、0数据进行了基因型转换,分别用1、2、3、4……N来代表不同的基因型,构建了一套湖南省主要茶树品种的分子指纹图谱,使每个品种都获得了一个17位数的指纹图谱号码,进而可将参试品种完全区分开。同时,对参试品种进行了特异性指数分析,品种特异指数介于65.4～113.7之间,平均80.1,表明品种间的特异性差异较大。
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利用SSR分子标记建立辣椒纯度鉴定体系
《辣椒杂志 》 2010
摘要：从150对辣椒SSR引物中筛选出116对多态性较好的引物,对兴蔬种业的12个推广辣椒品种的父本、母本及其F1代共36份材料进行PCR差异性筛选,其中6对引物能够区分每个品种的父本、母本及其F1代;同时对辣椒大群体DNA的快速提取、PCR扩增以及制胶电泳等进行了优化,初步建立了基于SSR分子标记技术的辣椒种子纯度鉴定体系,为辣椒种子纯度鉴定工作者提供了参考,也为辣椒种子指纹图谱的建立奠定了基础。
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应用SSR和ISSR标记分析非AA型野生稻资源的遗传多样性
《湖南农业科学 》 2008 CSCD
摘要：利用SSR、ISSR标记分析了24份非AA型野生稻及4份AA型对照的遗传多样性。结果表明,11对SSR引物共检测到104个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段9.5个。非AA型野生稻的特异性片段74个,占总片段数的71.2%;8个ISSR引物共检测到166个多态性片段,平均每个引物扩增多态性片段20.8个。非AA型野生稻的特异性片段113个,占总片段数的68.7%。两种标记构建的亲缘关系树基本相似。非AA型野生稻遗传多样性丰富,且具有很多独特的性状,可以为水稻育种提供丰富的种质资源。
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普通野生稻保护和未保护居群遗传多样性的比较
《植物遗传资源学报 》 2007 CSCD
摘要：为了评价普通野生稻自然居群遗传多样性,用24对SSR引物对5个保护居群(江西东乡庵家山JXD、湖南茶陵HNC、湖南江永HNJ、广东高州大岭GDD、海南儋州HND)和3个未保护居群(广西武宣GXW、广西来宾GXL、广东高州朋山GDP),共计356个单株进行了遗传多样性分析。24个位点均表现为多态,其中18个位点表现杂合子不足,RM339位点观察杂合度最高,RM336位点预期杂合度最高。SSR分析结果表明,8个居群的遗传多样性都较高,其中5个保护居群的Ae变幅为1.780(JXD)~2.504(HNJ),He变幅为0.397(JXD)~0.555(HNJ);3个未保护居群Ae变幅为2.153(GDP)~3.226(GXL),He变幅为0.492(GDP)~0.640(GXL)。5个保护居群与3个未保护居群之间的遗传距离较大(0.6585)。这说明虽然有些居群得到了保护,但未保护居群的保护、收集价值仍然很大。居群间遗传分化明显(Fst=0.399),居群间遗传距离最小的HNJ居群与GXL居群的相似系数也只有0.43。F-统计显示所用居群都偏离了Hardy-W e inbery平衡(F is=0.147),其中GDD、GDP、HND居群F is<0,表现为杂合子过剩;居群JXD的F is为0.109,表现轻微的杂合子缺乏;HNC、HNJ、GXW、GXL的F is>0,F is值变幅为0.315(GXW)~0.473(HNJ),说明这4个居群中杂合子不足,可能与这些居群自交比例高有关。
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