科研产出
镉胁迫下西瓜的转录组测序分析
《湖南农业大学学报(自然科学版) 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：以西瓜品种和欣(HX)和黑媚娘(HMN)的幼苗叶片为材料,经60 mg/kg氯化镉溶液处理(以未经氯化镉溶液处理的为对照)后,采用Illumina测序技术对转录组进行高通量测序,探讨西瓜镉胁迫的分子机理。结果表明:在黑媚娘处理组(HMN)和对照组(HMNCK)中共检测到8 579条差异基因,其中有4 297条基因表达显著上调,4 282条基因表达明显下调;在和欣处理组(HX)和对照组(HXCK)中共检测到7 108条差异基因,其中有3 662条基因表达显著上调,3 446条基因表达显著下调;不同组间差异基因的维恩图表明,HMN和HX组间有5 656条差异基因;根据不同数据库的注释信息,发现西瓜体内与镉胁迫相关的差异表达基因主要包括响应光合作用、信号转导、次生物质代谢、转录因子等相关基因;转录因子MYB、AP2/EREBP、bHLH、NAC和WRKY家族可能在西瓜响应镉胁迫中具有重要作用。用q RT–PCR技术对随机挑选的7条基因进行荧光定量验证,结果与Illumina测序数据一致,证实了差异表达基因数据的有效性。
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发酵过程中鲊鱼的细菌群落动态和品质特征变化
《食品科学 》 2018 EI 北大核心 CSCD
摘要：为揭示传统固态发酵鲊鱼发酵过程中细菌菌群结构演变规律及自然发酵本质,采用Illmina Hi Seq高通量测序技术分析发酵0~180 d共10个时间点的细菌群落结构的变化,同时对其质构特征、氨基酸组分、脂肪酸组分的变化规律进行分析。结果表明:整个发酵阶段,包含10个门类群、30个纲类群、60个目类群、90个科类群、130个属类群。在发酵初期(0~10 d),细菌群落多样性丰富,相对丰度大于0.1%的科水平达40多个,其优势菌为葡葡萄球菌科(Staphylococcaceae)(48%)、肠球菌科(Enterococcaceae)(9.46%)、餐古菌科(Cenarchaeaceae)(5.57%)、红细菌科(Rhodobacteraceae)(2.12%)。随着发酵时间的延长(10~50 d),芽孢杆菌科(Bacillaceae)相对丰度值由0.017%上升为1.35%,乳杆菌科(Lactobacillaceae)由0.018%上升为0.88%,明串珠菌科(Leuconostocaceae)由0.0%上升为0.61%,链球菌科(Streptococcaceae)由0.002%上升为0.32%,莫拉菌科(Moraxellaceae)由0.006%上升为0.31%;而黄杆菌科(Flavobacteriaceae)、海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)、假交替单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)、交替单胞菌科(Alteromonadaceae)等随着发酵时间的延长快速下降,餐古菌科(Cenarchaeaceae)下降为零,其优势菌转变为葡萄球菌、肠球菌和乳酸类细菌。另外,肠杆菌科(Enterobacteriaceae)在发酵50 d后有快速生长的趋势,对发酵有不利影响。同时发现质构指标、氨基酸组分含量、饱和脂肪酸含量随着发酵时间的延长而显下降趋势,并与时间在0.01水平(双侧)上显著负相关。因此,发酵时间控制在一定范围内有利于保证产品质量安全。
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传统固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质特征分析
《食品科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为探讨固态发酵鱼中细菌群落多样性与品质的关系,采用Hi Seq测序平台,对4个不同工艺的传统发酵鱼中细菌16S DNA V4区进行测序和系统发育分析,并结合传统微生物培养计数法、感官评定和气相色谱-质谱法分析等手段来揭示样品中细菌数量和结构组成与品质相关性。结果表明:样品获得序列数平均为59 250条,操作分类单元数目分别为zy A2:1 053、zy A5:392、zy B:428、zy C:498。4 个样品中总体细菌组成较为复杂,含有11 个门、30多个属,厚壁菌门占绝对优势,约占总细菌的66.25%~97.40%,其次是变形菌门、拟杆菌门,主要优势菌属为葡萄球菌、肠球菌属(乳酸球菌)、乳杆菌属、魏斯氏菌属。与传统方法相比较,Mi Seq测序提供的微生物多样信息更接近于样品微生态,并发现各样品之间的菌属丰度存在一定的差异性,其菌群组成与工艺密切相关,菌群的种类和数量影响产品的色泽和风味;另外,样品中也检出少量有潜在危害的假单胞菌属、黄杆菌属、棒状杆菌属、冷杆菌属等腐败菌和条件致病菌。因此,在现有的生产模式下需要严格控制加工条件,避免食品安全隐患的发生。
关键词： 固态发酵鱼 高通量测序 细菌群落多样性 挥发性风味物质 品质
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利用高密度SNP标记定位水稻粒形相关QTL
《杂交水稻 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：以"巨穗稻"R1128与粳稻品种日本晴杂交,构建包含781个单株的F2分离群体,利用高通量测序技术开发高密度SNP标记并构建超高密度的遗传连锁图谱,对水稻粒长、粒宽和粒厚3个性状进行QTL定位分析。共检测到分布于除第1,11,12号染色体以外的9条染色体上的19个粒形相关QTL,其中10个控制粒长,5个控制粒宽,4个控制粒厚,这些QTL中,粒长QTL q GL4-2、q GL7-2、q GL10-2、q GL10-3,粒宽QTL q GW6,粒厚QTL q GT4、q GT8可能为新发现的粒形相关位点。
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