科研产出
60Co-γ射线辐射水稻小RNA测序变异分析
《核农学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为探讨γ射线辐射引起水稻损伤效应的小RNA变异,采用0、300和400 Gy的60Co-γ射线辐射处理水稻高粳糯种子,利用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序平台对辐射后的高粳糯三叶期叶片进行小RNA测序。结果显示,0 Gy（对照）组共获得7 395 578个小RNA,254个已知miRNA成熟序列,26个新miRNA成熟序列;300 Gy剂量组（Gy3）共获得10 315 701个小RNA,265个已知miRNA成熟序列,29个新miRNA成熟序列;400 Gy剂量组（Gy4）共获得6 469 869个小RNA,261个已知miRNA成熟序列,29个新miRNA成熟序列。GO富集分析显示,Gy4 vs CK组差异miRNAs对应的候选基因富集到生物过程、细胞组分和分子功能三大类共58个小类,其中涉及分子功能的基因最多。Gy3 vs Gy4组差异miRNAs对应的候选基因富集到生物过程和分子功能两大类共7个小类,以离子结合、过渡金属离子结合和氧化还原酶活性占主要比例。KEGG富集分析显示前20条显著富集途径,Gy3 vs CK组差异miRNAs对应的候选基因富集到植物病原互作最高,富集最显著的是植物昼夜节律。Gy4 vs CK组差异miRNAs对应的候选基因组富集到代谢途径最高,富集最显著的是甘油磷脂代谢和醚脂类代谢,Gy3 vs Gy4组差异miRNAs对应的候选基因富集到甘油磷脂代谢、真核生物的核糖体发生和内吞作用三个途径最高,富集最显著的是醚脂类代谢。本研究从RNA水平为辐射诱变水稻引起当代的苗期损伤效应提供了新见解。
关键词： 水稻 γ射线 损伤效应 小RNA GO富集分析 KEGG分析
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miRNA序列分析耐盐型和敏感型黄麻 基因型在盐胁迫下的应答机制
《农业科学与技术(英文版) 》 2020
摘要：盐胁迫是农作物生长的主要环境胁迫源之一,其中MicroRNAs(miRNAs)的表达在植物对盐胁迫响应中起决定性作用.该研究对盐耐受型(TC)和盐敏感型(NY)黄麻在高盐胁迫下miRNAs的表达进行比较分析.从8个sRNA文库中鉴定出了374个预期的miRNAs,并预测了87个潜在的候选miRNAs.在盐胁迫和对照之间,包括45个特异的miRNAs在内的181个miRNAs有差异表达,且TC中差异表达的miRNAs较NY多.在NY的叶片和根中分别发现58和27个miRNAs差异表达,而在TC的叶片和根中分别发现45和113个miRNAs的差异表达.在两种基因型组织中发现存在两个共同的差异表达miRNA.仅在TC中,发现10个共通的miRNAs在叶片和根组织中有差异表达,包括6个上调、3个下调和1个上调和下调的miRNA.该研究将有助于提高大家对黄麻非生物胁迫耐性的认识,并有助于提高黄麻在高盐碱地的产量.
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Small RNA深度测序鉴定甘薯种质的甘薯曲叶病毒
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用Small RNA深度测序对长沙、永州、邵阳等地采集的甘薯种质资源病毒症状样品进行鉴定,发现样品中含有与甘薯曲叶病毒同源的系列.设计引物进行PCR扩增,鉴定出24个SPLCV-AC1基因片段序列,经NCBI-Blast比对,与10个不同株系SPLCV同源性达96%以上.为进一步获得SPLCV全长序列,设计背靠背引物,经PCR扩增、鉴定,获得3个SPLCV全长序列.系列进化分析显示,这3个SPLCV分离物聚为同一分支,其中SPLCV (76)序列大小2 774 bp,与甘薯乔治亚曲叶病毒中国分离物、甘薯金脉病毒具有较高同源性;SPLCV (47)序列大小2 777 bp,与甘薯河南曲叶病毒分离物具有较高同源性;SPLCV (68)序列大小2 832 bp,与甘薯广西曲叶病毒分离物具有96%的同源性.以上同源系列与Small RNA测序显示结果相一致.本研究结果为甘薯病毒病防控提供理论依据.
关键词： Small RNA 深度测序 甘薯曲叶病毒 双生病毒 病毒鉴定
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辣椒(Capsicum annuum L.)果实发育及品质相关新microRNA的鉴定与分析
《辣椒杂志 》 2017
摘要：MicroRNA(miRNA)是一种非编码的小RNA,在各种生物过程中起着重要的调节作用。前人研究表明,模式植物中miRNA与果实发育相关。然而,人们对辣椒(Capsicum annuum L.)果实品质及发育相关的miRNA了解尚不清楚。本研究利用二代测序技术(Next-generation sequencing technology)比较了不同品种辣椒果实在不同发育时期的小RNA。利用miRDeep2软件从4个样本中共鉴定出了59个已知miRNA和310个新miRNA。预测了新miRNA的靶基因,共656个,并对其中402个靶基因进行了注释。GO分析和KEGG途径表明,某些靶基因与淀粉糖、氨基糖以及核糖代谢相关。qPCR表明一些miRNA的表达模式与其靶向基因相反,该结果为今后研究miRNA调控果实发育和品质形成提供了重要基础。
关键词： 辣椒(Capsicum annuum L.) miRNA 果实发育 果实品质 深度测序
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水稻病毒与其宿主miRNAs相互作用的研究进展
《生命科学 》 2015 CSCD
摘要：miRNAs(micro RNAs)是真核生物中一类大小约为21 nt,并具有调控功能的非编码小分子单链RNA。miRNAs能够调控水稻基因的表达,对水稻的发育和生理机能至关重要。miRNA沉默途径可以抵御水稻病毒的入侵,减小病毒侵染带来的危害。然而,一些病毒也会编码各种针对miRNA沉默途径的沉默抑制子来对抗这种机制。于是,miRNAs和水稻病毒之间就形成了一种抑制与反抑制的动态平衡体系。现对水稻病毒与其宿主miRNAs之间的相互作用进行了系统的阐述,以期深入理解水稻病毒与宿主相互作用的机制并为水稻病害的防治提供新的思路与方法。
关键词： miRNAs 水稻病毒 mi RNA沉默途径 沉默抑制子
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