科研产出
侵染湖南甘薯种质资源的曲叶病毒和杆状病毒的检测及其亲缘关系分析
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：采用PCR技术对2015—2016年从湖南省多个市县采集的180份甘薯种质资源进行两种DNA病毒（sweet potato leafcurlvirus,SPLCV和sweetpotatobadnavirus,SPBV）检测,并以PCR扩增产物序列为基础,对这两种病毒的亲缘关系进行分析。结果表明:（1）180份甘薯种质资源中,22份检测出SPLCV,占总数的12.2%;32份检测出SPBV,占总数的17.8%;8份同时检出SPLCV和SPBV这两种病毒,占总数的3.9%。（2）检出SPLCV的市县有长沙、永州、怀化、邵阳、郴州、常德、娄底、益阳、岳阳和株洲;检出SPBV的市县有长沙、永州、怀化、衡阳和邵阳;检出两病毒复合侵染的市县有怀化、长沙、永州和邵阳。（3）基于病毒全基因组序列分析显示,全球已报道的36个SPLCV分离物可分为3组,本研究获得的12个湖南分离物可分别归于3个组中,其中6个归于组Ⅰ,1个归于组Ⅱ,5个归于组Ⅲ,表明湖南SPLCV具有高度多样性。（4）基于病毒运动蛋白和外壳蛋白编码基因部分序列分析显示,全球已报道的36个SPBV分离物可分为4组,绝大部分分离物属于组Ⅰ,我国1个安徽分离物单独成组（组Ⅱ）,我国2个山东分离物和1个海南分离物构成1个组（组Ⅲ）,本研究获得的2个湖南分离物其中1个归于组Ⅰ,而另1个与已报道各分离物的核苷酸序列均存在显著差异,相似性仅为74.92%,单独成组（组Ⅳ）,表明我国SPBV具有高度的变异性,存在多个变异类型。本研究结果可为湖南地区这两种病毒病防控提供依据。
关键词： 甘薯种质资源 甘薯曲叶病毒 甘薯杆状病毒 鉴定与分析
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Small RNA深度测序鉴定甘薯种质的甘薯曲叶病毒
《分子植物育种 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：本研究利用Small RNA深度测序对长沙、永州、邵阳等地采集的甘薯种质资源病毒症状样品进行鉴定,发现样品中含有与甘薯曲叶病毒同源的系列.设计引物进行PCR扩增,鉴定出24个SPLCV-AC1基因片段序列,经NCBI-Blast比对,与10个不同株系SPLCV同源性达96%以上.为进一步获得SPLCV全长序列,设计背靠背引物,经PCR扩增、鉴定,获得3个SPLCV全长序列.系列进化分析显示,这3个SPLCV分离物聚为同一分支,其中SPLCV (76)序列大小2 774 bp,与甘薯乔治亚曲叶病毒中国分离物、甘薯金脉病毒具有较高同源性;SPLCV (47)序列大小2 777 bp,与甘薯河南曲叶病毒分离物具有较高同源性;SPLCV (68)序列大小2 832 bp,与甘薯广西曲叶病毒分离物具有96%的同源性.以上同源系列与Small RNA测序显示结果相一致.本研究结果为甘薯病毒病防控提供理论依据.
关键词： Small RNA 深度测序 甘薯曲叶病毒 双生病毒 病毒鉴定
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湖南甘薯种质资源曲叶病毒检测分析初报
《植物遗传资源学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：本研究依托"第三次全国农作物种质资源普查与收集行动",利用巢式PCR(Nested PCR)检测技术,对从湖南各地区采集的甘薯种质资源进行甘薯曲叶病毒的调查、检测、统计与分析,获得该地区甘薯种质资源曲叶病毒的感染和分布情况。对收集的246份甘薯种质资源进行了甘薯曲叶病毒病症状的调查,记录了每份种质资源的田间生长特性;建立了一种甘薯曲叶病毒巢式PCR检测技术,该技术相对其他技术具有特异性强、灵敏度高、检测通量大、检测成本低的特点。利用建立的巢式PCR检测技术对选取的样品进行甘薯曲叶病毒检测,分析检测结果发现:(1)巢氏PCR共检测出14份甘薯种质资源感染甘薯曲叶病毒,根据病毒基因测序结果分析湖南省至少存在2种曲叶病毒株系。(2)田间调查共发现8份甘薯种质资源的叶片具有甘薯曲叶病毒病典型的卷曲症状,但是其中仅有4份资源与曲叶病毒巢氏PCR检测结果一致;另外4份资源虽然具有明显的卷叶现象但是未检测出曲叶病毒。(3)曲叶病毒检测呈阳性的14份甘薯种质资源分别来源于邵阳市、长沙市、永州市和株洲市4个地区,占种质资源总数的5.7%;4个地区甘薯种质资源的病毒感染率分别为17.6%、14.5%、7.1%和6.7%;全省范围内的种质资源染病情况具有较大的地域差异性;综合甘薯种植情况和地理环境分析,商品薯的跨区域流通和农民自留种的种植习惯是影响甘薯病毒传播的主要因素。本研究首次利用巢式PCR技术对湖南地区甘薯曲叶病毒进行检测和调查,为甘薯种质资源的保存、繁殖、鉴定与利用提供了重要的技术支撑,也为湖南地区甘薯曲叶病毒侵染情况及相关的分子生物学研究提供了数据参考。
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