科研产出
茶树新品系“53-34”父本的EST-SSR标记鉴定
《茶叶通讯 》 2016
摘要：本研究采用EST-SSR标记对茶树新品系"53-34"及其母本和4个可能父本进行了分析。结果表明:24对引物共检测到69个等位位点,平均2.88;53-34与湘波绿及4个可能父本的相同位点数分别占其扩增总位点数的85.71%、71.43%、65.71%、60.00%、74.26%,最大为湘波绿,最小为福云7号。6份供试材料间相似系数变幅为0.44~0.77,平均0.57。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在相似系数平均值0.57处可将参试的6份材料划分为三大类:第Ⅰ类高芽齐;第Ⅱ类湘波绿、53-34与古蔺牛皮茶;第Ⅲ类云大72-04与福云7号。参试材料的相似系数和亲缘关系树状图在分子水平上显示了53-34的4个可能父本中,古蔺牛皮茶与其亲缘关系最近,可能为53-34的父本。
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2011-15-3等4个茶树新品系亲缘关系的EST-SSR分析
《食品安全质量检测学报 》 2015
摘要：目的对2011-15-3等4个茶树新品系进行亲缘关系分析,以期为新品系的识别、新品种登记及育种亲本选配提供可靠依据。方法利用文献开发的24对EST-SSR引物,对4个茶树新品系等7份材料进行PCR扩增,在所得相似系数的基础上进行UPGMA聚类,并绘制亲缘关系树状聚类图。结果 24对引物共扩增出69个等位位点,平均2.88;平均杂合度观测值(Ho)、平均杂合度期望值(He)、Shannon指数的平均值分别为0.42、0.54、0.75,相似系数变幅为0.47~0.89。槠叶齐、碧香早、高芽齐的后代与其母本相似系数值分别高达0.84、0.79、0.79、0.78。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在相似系数平均值0.66处可将参试的7份材料分为3类:第Ⅰ类为高芽齐和2011-34-1,第Ⅱ类为槠叶齐、2011-21-1和2011-21-3,第Ⅲ类为碧香早和2011-15-3。结论明确了4个茶树新品系与其他品种的亲缘关系及品种间的遗传距离。
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基于EST-SSR的祁门种群体遗传多样性和亲缘关系分析
《茶叶科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：利用24对EST-SSR引物对祁门种群体66个单株和安徽1号进行遗传多样性和亲缘关系分析。结果表明:祁门种群体具有相对较高的遗传多样性,24对引物共检测到等位位点69个,平均2.88个;引物多态性含量PIC为0.18~0.85,平均值为0.47;杂合度观测值(Ho)在0.09~0.96之间,平均值为0.41;杂合度期望值(He)在0.23~0.76之间,平均值为0.50;群体内的Shannon指数I为0.39~1.50,平均0.89。根据相似系数矩阵按UPGMA法进行聚类,在相似系数平均值0.50处可将参试的67份材料划分为六大类,其中第Ⅰ类含有44个祁门种群体单株及安徽1号,占总数的67.16%,是祁门种的核心类群。
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辣椒种质遗传多样性的EST-SSR分析
《植物遗传资源学报 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：辣椒(Capsicum annuum L.)是一种重要的蔬菜作物,分析辣椒种质的遗传多样性对于辣椒种质的收集、鉴定和利用都有重要的意义。EST-SSR标记是一种位于转录区的SSR标记,能够检测出转录区的多态性,进而能够反映出种质之间真实的遗传多样性。本研究利用33个EST-SSR标记分析了31份辣椒种质的遗传多样性。EST-SSR标记在测试的辣椒种质上共检测出91个等位基因,平均每个位点扩增出2.76个等位基因,最多扩增出6个等位基因,多态性信息含量(PIC)最小为0.03,最大为0.74,平均为0.38。系统聚类分析将31份种质分为2大类,聚类结果表现出了一定程度的与果实性状的相关性。主坐标分析的结果基本上与聚类分析的结果一致,但更加详细地表现了辣椒种质之间的遗传变异。
关键词： 辣椒 遗传多样性 EST-SSR 聚类分析 主坐标分析
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辣椒转录组SSR挖掘及其多态性分析
《园艺学报 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用SSR检索程序从两个辣椒转录组共221037条unigenes(97.3Mb)中筛选得到17319个SSR位点(7.83%),其发生频率为1/56kb。其中以单核苷重复基序为主导类型,占总SSR的56.30%;其次是二、三核苷酸重复基序,其出现频率分别为19.16%和23.18%。对所有含SSR位点EST序列设计的10468对引物进行E-PCR多态性检测,获得1538对E-PCR多态性引物。随机选取20对引物进行验证,其中7对(36.84%)在10个不同类型辣椒材料中表现出多态性,PIC值范围为0.33～0.89,平均为0.67,将10个辣椒材料分为3类。这些潜在的多态性EST-SSR的开发为辣椒遗传多样性分析、图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。
茶树品种“玉绿”和“玉笋”父本的EST-SSR标记鉴定
《茶叶科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：为在分子水平上鉴定"玉绿"和"玉笋"的父本,本研究采用EST-SSR标记对其母本和4个可能父本进行了分析。结果表明,筛选的16对核心引物共检测到34个等位位点,每个引物1～3个,平均2.12个。玉绿与薮北实生单株及4个可能父本的相同位点数分别占玉绿扩增总位点数的72.22%、44.44%、55.56%、72.22%、61.11%,最大为薮北实生单株和湘波绿,最小为福鼎大白茶;玉笋分别为73.91%、43.48%、52.17%、60.87%和47.83%,最大为薮北实生单株,最小也为福鼎大白茶。8份供试材料间相似系数变幅为0.19～0.85,平均0.52。根据相似系数UPGMA聚类,在相似系数0.61处将参试8份材料分为4类:第Ⅰ类为薮北、薮北实生单株、玉笋;第Ⅱ类为龙井43;第Ⅲ类包括湘波绿、玉绿、槠叶齐;第Ⅳ类为福鼎大白茶。参试材料的相似系数和亲缘关系树状图在分子水平上显示了玉绿和玉笋杂交亲本间的遗传差异较大,推测湘波绿可能是玉绿的父本,而玉笋的父本还有待进一步验证。
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利用EST-SSR标记研究黄金茶群体遗传多样性及遗传分化
《茶叶科学 》 2009 北大核心 CSCD
摘要：利用19对茶树EST-SSR引物对黄金茶群体的38个单株进行了遗传多样性和亲缘关系分析。19对引物共检测到等位位点37个,每个引物1~3个,平均1.95个;期望杂合度(He)在0.03~0.65之间,平均值0.32;观测杂合度(Ho)在0~0.97之间,平均值0.33;群体内的Shannon指数0.55。以上结果均说明黄金茶群体的遗传多样性较低。基于EST-SSR数据以SAHN邻接法对供试种质资源进行UPGMA遗传相似性聚类,并绘制树状聚类图,按相似系数0.77可将参试的38份种质资源分为六大类。根据不同单株间的相似系数可为黄金茶群体的遗传改良提供一定参考。同时,AMOVA分析表明,黄金茶群体的遗传变异21.77%发生在种群间,78.23%发生于单株间,不同区域的种群间基因流为1.80,这可以为黄金茶群体的保护提供一定理论依据。
关键词： 茶树 黄金茶群体 EST-SSR 遗传多样性 亲缘关系
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