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辣椒转录组SSR挖掘及其多态性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 王运生 1 ; 田雪亮 2 ; 茆振川 2 ; 邹学校 3 ; 谢丙炎 2 ;

作者机构： 1.湖南农业大学生物安全科学技术学院

2.中国农业科学院蔬菜花卉研究所

3.湖南省农业科学院蔬菜研究所

关键词： 辣椒;转录组;EST-SSR

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2012 年 39 卷 01 期

页码： 168-174

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用SSR检索程序从两个辣椒转录组共221037条unigenes(97.3Mb)中筛选得到17319个SSR位点(7.83%),其发生频率为1/56kb。其中以单核苷重复基序为主导类型,占总SSR的56.30%;其次是二、三核苷酸重复基序,其出现频率分别为19.16%和23.18%。对所有含SSR位点EST序列设计的10468对引物进行E-PCR多态性检测,获得1538对E-PCR多态性引物。随机选取20对引物进行验证,其中7对(36.84%)在10个不同类型辣椒材料中表现出多态性,PIC值范围为0.33～0.89,平均为0.67,将10个辣椒材料分为3类。这些潜在的多态性EST-SSR的开发为辣椒遗传多样性分析、图谱构建提供了更丰富的候选分子标记。

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