科研产出
不同地区多花黄精的ITS序列分析及近缘种聚类分析
《分子植物育种 》 2022 北大核心
摘要：为建立快速鉴定多花黄精的方法及确定其亲缘关系,本研究采用DNA条形码分析的方法,通过对28个多花黄精材料的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)片段进行扩增获得ITS序列,进行多重比对,并构建多花黄精及近缘种的系统发育分析树。结果表明:本研究共获得两种多花黄精ITS的单倍型,仅发生一个位点的突变,说明多花黄精种内保守性高,遗传稳定,并可作为多花黄精DNA条形码物种鉴定的对照序列;另外,其与穇属(Eleusine)中穇子(Eleusine coracana)物种亲缘关系最近。本研究为快速鉴定多花黄精提供了新方法,并为多花黄精的后续研究提供了依据。
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辽宁省番茄上番茄斑驳花叶病毒的分子鉴定
《江苏农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：为明确2015年在辽宁省调查番茄病毒病时发现的病毒类型,对田间采集的番茄病样进行了分子检测.结果显示,在用烟草花叶病毒属通用检测引物进行RT-PCR扩增时22份样品中有6份扩增到800 bp左右的目的片段,扩增产物测序后BLAST分析结果表明它与已报道的番茄斑驳花叶病毒(Tomato mottle mosaic virus,ToM-MV)(KF477193)同源性最高,为99.2%.为进一步确认,针对ToMMV编码的外壳蛋白(CP)设计了一对特异性引物,对样品进行RT-PCR检测,结果显示6份阳性样品都能扩增到目的条带,对其克隆测序后发现CP基因序列全长480 bp,编码1个相对分子质量约1.77×104的蛋白质,系统进化树表明该病毒与ToMMV的同源性最高,共同聚类于一个分支.这些结果表明在辽宁省番茄病株上检测到的病毒为ToMMV的1个分离物,这是在辽宁省番茄上发现番茄斑驳花叶病毒的首次报道.
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不同地区穇子ITS序列比较及穇属物种聚类分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：穇子作为药食兼用的特色作物,对粮食安全和改善人们健康起着重要作用.为探究快速鉴定穇属物种的方法及确定穇子的亲缘关系,本研究对65个不同产地穇子居群的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行测序及比对,并构建穇属物种系统发育树.结果发现,穇子EC25、EC53和EC59等3个居群的ITS序列存在单碱基的突变体,其他居群无任何差异;穇属物种间ITS存在3~43个碱基的差异;系统聚类表明,穇属物种分为2大类4个亚组,其中穇子与凯芝济穇亲缘关系最近.研究表明,穇子的ITS序列具有高保守性而穇属种间差异性较大,ITS序列不能作为穇子居群的鉴定标记,可作为穇属物种鉴定的参考序列.本研究为穇子的亲缘关系鉴定及杂交育种提供了分子依据.
关键词： 穇子(Eleusine coracana) ITS 分子鉴定 聚类分析
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白术、苍术种子位点特异性PCR鉴别方法研究
《中国中药杂志 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：目的:筛选白术、苍术鉴别SNP位点,并设计特异性引物,实现白术、苍术种子的快速鉴定。方法:通过测序及GenBank中下载获得白术、苍术的psbA-trnH序列,通过使用Bioedit软件比对获得SNP位点,设计位点特异性PCR引物,将ITS通用引物加入到特异性引物构建多重PCR体系,并优化PCR条件,对白术、苍术种子进行分子鉴定。结果:构建了多重PCR鉴别体系,通过一个PCR反应,能扩增出苍术、白术约643 bp的ITS DNA质控条带,扩增出白术172 bp的特异性鉴别条带,实现白术、苍术鉴别。结论:使用位点特异性PCR技术可以有效鉴别白术、苍术种子。
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湖南病死马尾松中分离线虫的鉴定
《植物检疫 》 2007
摘要：分离自对湖南郴州、耒阳、张家界地区的病死马尾松样品,采用形态鉴别和分子生物学鉴别相结合的方法对其进行鉴定。形态鉴定结果显示分离检出线虫更符合拟松材线虫特征。同时采用ITS-PCR-RELP方法对病死马尾松中分离线虫进行分子鉴定,ITS区经EcolI和HindⅢ酶切后得到110、160、242、404bp4条特征带,与拟松材线虫相同,而与松材线虫有明显区别。而且ITS及CoI基因序列信息显示,湖南病死马尾松中分离线虫与松材线虫的同源性分别为92.9%、89.3%,而与拟松材线虫的同源性高达97.2%、95.2%。研究结果表明湖南病死马尾松中分离的线虫为拟松材线虫。
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三系杂交水稻真伪及纯度实时PCR技术的鉴定
《农业生物技术学报 》 2007 CSCD
摘要：如何建立一套快速、准确的杂交水稻真伪及纯度检测体系一直是困扰着口岸检疫人员的难题。实时荧光PCR技术是近年来新兴的检验技术。通过对已报道的雄性不育特异片段R2-630WA进行PCR验证,发现其可作为鉴定杂交稻不育胞质的分子标记。依据此片段设计并合成1对引物和1条TaqMan荧光探针,对17个水稻(Oryza sativa)品种进行实时荧光PCR检测并对反应体系进行优化。结果表明:此探针能特异扩增三系杂交稻F1及不育系,并可准确地鉴定单粒稻种,准确率为100%。探针在测定低浓度(10%~40%)样品时偏差在2%左右,在测定高浓度(50%~100%)样品时,偏差在5%左右,能初步用于三系杂交稻的纯度检测。反应体系的最佳复性-延伸温度为60℃;最佳Mg2+浓度为3.5mmol/L,由此建立了一套准确、快速的三系杂交稻鉴定体系。
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