科研产出
高通量基因型分型技术及其在水稻中的应用
《生物技术通报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：作物种质资源遗传基础的深入认识与高效利用,对于品种改良和粮食安全具有重要意义。传统系谱考察的方法对指导育种实践发挥了重要作用,随着分子生物学的发展,基因组学和高通量SNP分子标记等基因型分型方法可以更便捷地对种质资源进行鉴定。就基因型分型的主要方法进行了总结,重点论述了以SNP为核心的下一代高通量测序(NGS)分型方法、竞争性等位基因特异性PCR(KASP)和SNP芯片系统,以及当前主流的SNP分析工具和数据库。同时,介绍了高通量SNP分型技术在水稻研究中的进展,并就分型技术在作物育种等领域的应用和发展趋势进行了展望。
关键词： 系谱 SNP 分型 下一代高通量测序 竞争性等位基因特异性PCR
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水稻落粒性基因qSH1调控区关键SNP的HRM检测体系优化
《分子植物育种 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)分析是一种新发展起的DNA多态性快速筛查分析技术,具有灵敏、准确和高效等突出优势。q SH1是控制水稻落粒性的主效基因,在该基因的上游12 kb的调节区存在一个SNP位点(命名为q SH1(G/T))调控其表达,从而引起不同品种间落粒性差异。为针对q SH1(G/T)位点建立一种HRM快速分型检测体系,本研究以难落粒的粳稻品种"日本晴"和易落粒的"R1128"为材料,研究了不同的PCR产物长度、DNA浓度、Mg2+浓度、退火温度及扩增模式对HRM分型效果的影响。结果表明:使用q SH1-1引物(产物长度68 bp)能获得平稳的熔解曲线和单一熔解峰;当DNA浓度在5 ng/μL以上、退火温度为60℃、Mg2+浓度为1.5 mmol/L时,HRM分型效果最佳;此外,选择降落PCR模式能取得较好的分型效果。研究结果可为后续该位点的基因分型及水稻落粒性分子遗传改良的研究奠定基础。
关键词： 水稻(Oryza sativa L.) q SH1基因 SNP HRM 基因分型
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薄荷、留兰香特异性引物PCR鉴别方法研究
《中药材 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：目的:筛选留兰香、薄荷鉴别SNP位点,并设计特异性引物,实现薄荷、留兰香及二者混合品的快速鉴别。方法:通过测序及GenBank中下载获得薄荷、留兰香的psbA序列,通过使用Bioedit软件比对获得SNP位点,设计特异性多重PCR引物,通过条件优化,对薄荷、留兰香原植物及药材进行鉴别。结果:构建了多重PCR鉴别体系,能扩增出薄荷181 bp的鉴别条带或(和)留兰香288 bp鉴别条带,通过一个PCR反应就能对药材及二者混合品进行鉴别。结论:使用多重PCR技术可以有效鉴别薄荷、留兰香及二者的混合品。
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白术、苍术种子位点特异性PCR鉴别方法研究
《中国中药杂志 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：目的:筛选白术、苍术鉴别SNP位点,并设计特异性引物,实现白术、苍术种子的快速鉴定。方法:通过测序及GenBank中下载获得白术、苍术的psbA-trnH序列,通过使用Bioedit软件比对获得SNP位点,设计位点特异性PCR引物,将ITS通用引物加入到特异性引物构建多重PCR体系,并优化PCR条件,对白术、苍术种子进行分子鉴定。结果:构建了多重PCR鉴别体系,通过一个PCR反应,能扩增出苍术、白术约643 bp的ITS DNA质控条带,扩增出白术172 bp的特异性鉴别条带,实现白术、苍术鉴别。结论:使用位点特异性PCR技术可以有效鉴别白术、苍术种子。
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