科研产出
不同地区多花黄精的ITS序列分析及近缘种聚类分析
《分子植物育种 》 2022 北大核心
摘要：为建立快速鉴定多花黄精的方法及确定其亲缘关系,本研究采用DNA条形码分析的方法,通过对28个多花黄精材料的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)片段进行扩增获得ITS序列,进行多重比对,并构建多花黄精及近缘种的系统发育分析树。结果表明:本研究共获得两种多花黄精ITS的单倍型,仅发生一个位点的突变,说明多花黄精种内保守性高,遗传稳定,并可作为多花黄精DNA条形码物种鉴定的对照序列;另外,其与穇属(Eleusine)中穇子(Eleusine coracana)物种亲缘关系最近。本研究为快速鉴定多花黄精提供了新方法,并为多花黄精的后续研究提供了依据。
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DNA条形码在黄精属药用植物鉴定与遗传多样性分析中的应用
《植物科学学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：黄精属(Polygonatum)的许多物种具有重要的药用价值,但目前缺乏能够准确、高效地鉴定黄精属药用植物的DNA条形码.本研究通过对ITS、trnK-matK、rbcL、psbA-trnH和psbK-psbl序列进行扩增和测序,并从ITS序列中提取ITS2序列,共获得黄精属7个药用物种23份样品的138条序列.进一步比较6个DNA条形码对黄精属药用植物的鉴定效率,并验证所筛选条形码的可靠性.结果显示:trnK-matK的种内和种间变异重合少且有较明显的条形码间隙,其他5个序列的种内和种间变异重合多且无条形码间隙;BLAST结果表明trnK-matK的鉴定效率最高(85.7%),系统发育树显示trnK-matK的鉴定能力最强,能将全部12个多花黄精样品聚在一支,并能区分黄精、滇黄精、玉竹、点花黄精和湖北黄精;AMOVA分析结果揭示trnK-matK的群体遗传分化指数(Fst)最高,适用于区分黄精属物种间差异.因此,trnK-matK最适用于黄精属药用植物的分子鉴定.
关键词： 黄精属 DNA条形码 遗传多样性 ITS matK rbcL psbA-trnH psbK-psbl
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不同地区穇子ITS序列比较及穇属物种聚类分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：穇子作为药食兼用的特色作物,对粮食安全和改善人们健康起着重要作用.为探究快速鉴定穇属物种的方法及确定穇子的亲缘关系,本研究对65个不同产地穇子居群的核糖体DNA内转录间隔区(ITS)序列进行测序及比对,并构建穇属物种系统发育树.结果发现,穇子EC25、EC53和EC59等3个居群的ITS序列存在单碱基的突变体,其他居群无任何差异;穇属物种间ITS存在3~43个碱基的差异;系统聚类表明,穇属物种分为2大类4个亚组,其中穇子与凯芝济穇亲缘关系最近.研究表明,穇子的ITS序列具有高保守性而穇属种间差异性较大,ITS序列不能作为穇子居群的鉴定标记,可作为穇属物种鉴定的参考序列.本研究为穇子的亲缘关系鉴定及杂交育种提供了分子依据.
关键词： 穇子(Eleusine coracana) ITS 分子鉴定 聚类分析
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