科研产出
辣椒bZIP家族基因的鉴定与表达分析
《园艺学报 》 2018 北大核心 CSCD
摘要：利用生物信息学的方法对辣椒bZIP家族基因进行全面鉴定与进化分析,并在此基础上对基因染色体定位、蛋白质保守基序和基因结构等进行分析,并通过qRT-PCR方法检测基因的组织表达模式和在ABA胁迫下的应答等。结果表明,从辣椒基因组中共鉴定出54个bZIP家族基因,这些基因分散分布在辣椒的11条染色体上;系统进化分析表明辣椒bZIP基因家族可以分为10组,每组所含有的基因数不等;该家族成员每个基因含有0~11个内含子;bZIP家族基因具有不同的表达模式;外源激素ABA处理可以明显抑制或者激活该家族基因成员的表达。
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辣椒ARF基因家族的鉴定与表达分析
《西北植物学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为进一步研究辣椒ARF(Auxin Response Factor)基因家族在其生长发育及逆境胁迫中的作用,利用生物信息学方法从辣椒基因组中鉴定出20个ARF基因,这些基因不均匀地分布在辣椒12条染色体上。进化关系显示辣椒ARF基因可分为ClassⅠ和Ⅱ两大类,进一步可细分为Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd、Ⅰe、Ⅱa和Ⅱb等7个亚类。基因结构图表明,该基因家族由1~15个外显子构成,且各基因在不同发育时期不同组织中的表达量不同,具有一定的特异性。qRT-PCR结果表明,高盐胁迫可以明显激活或抑制ARF基因家族的表达。
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灰毡毛忍冬MADS-box基因家族AGL15基因的克隆、生物信息学和表达分析
《中草药 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：目的基于前期对灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides转录组测序结果,从灰毡毛忍冬RNA中克隆灰毡毛忍冬MADS-box基因家族蕾期延长相关基因AGL15,并对其进行生物信息学及表达分析。方法对灰毡毛忍冬总RNA进行反转录酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和c DNA末端快速扩增反应(rapid amplification of c DNA ends,RACE),获得完整的开放阅读框(ORF)。运用生物信息学的方法对该序列进行同源性分析和相似性比较,预测编码蛋白,并对其进行各种理化性质分析。运用半定量PCR测得该基因在灰毡毛忍冬不同部位的表达情况。结果获得AGL15基因,ORF长795 bp,编码264个氨基酸,与葡萄Vitis vinifera中MADS-box基因家族AGL15基因相似性最高,且包含MADS和K-box的保守序列。AGL15蛋白无跨膜区域,定位于细胞质中,在灰毡毛忍冬各部位均有表达。结论首次从灰毡毛忍冬中克隆得到可能控制蕾期延长的基因,分析了其在灰毡毛忍冬不同部位表达差异性,为灰毡毛忍冬蕾期延长研究提供参考。
关键词： 灰毡毛忍冬 蕾期延长 基因克隆 生物信息学分析 基因表达
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辣椒全基因组中LBD转录因子的鉴定与表达分析
《园艺学报 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：利用生物信息学的方法,从辣椒基因组中鉴定出45个LBD基因,这些基因分布于辣椒9条染色体上。该家族成员内含子数整体上不超过3个,结构相对简单。进化关系显示辣椒LBD基因可分为ClassⅠ和ClassⅡ两大类,细分为Ⅰa、Ⅰb、Ⅰc、Ⅰd、Ⅰe、Ⅱa和Ⅱb等7个亚类。不同组织和发育时期的表达模式研究发现,该基因家族具有一定的时空表达特异性。qRT-PCR结果表明,热激胁迫可以明显激活或抑制部分LBD基因的表达,其中ClassⅡ类基因较ClassⅠ类对高温具有更高的敏感性。
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水杨酸对菊叶薯蓣中薯蓣皂素生物合成的影响
《氨基酸和生物资源 》 2015
摘要：薯蓣皂素为甾体激素药物合成起始原料,主要来源于菊叶薯蓣等薯蓣属植物的块茎或根状茎,因而关于提高菊叶薯蓣中薯蓣皂素含量的研究有重要意义。利用水杨酸处理菊叶薯蓣的离体植株,研究其对薯蓣皂素生物合成的影响及作用机制。100μmol·L-1的水杨酸处理使薯蓣皂素积累量最大,且提高了叶绿素含量和可溶性糖含量,降低可溶性蛋白含量。半定量RT-PCR检测基因表达发现,除了法尼基二磷酸(FPP)基因,水杨酸增强菊叶薯蓣角鲨烯合酶(SQS)基因、甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)基因、环阿屯醇合成酶(CAS)基因的表达。研究结果为提高菊叶薯蓣中薯蓣皂苷的含量、揭示水杨酸促进薯蓣皂素生物合成的机制等研究提供了基础。
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CBF调节子在水稻品种日本晴和93-11低温驯化过程中的差异调控机制
《中国水稻科学 》 2012 北大核心 CSCD
摘要：利用拟南芥DREB1蛋白序列在水稻全基因组水平进行TBLASTN,共检索到9个水稻同源基因。其中,有3个基因串联排列在第9染色体上,命名为OsCBF1、OsCBF2、OsCBF3。它们编码的蛋白在保守区域内与DREB1的相似性较高。低温驯化能增强水稻幼苗的耐冷性,减少叶片的离子渗漏,但粳稻品种日本晴和籼稻品种93-11之间存在差异。OsCBF1～OsCBF3基因在低温驯化过程中诱导表达,在93-11中的表达量比在日本晴中的更高。CBF候选靶标基因OsP5CS在两个水稻品种都得到诱导表达,但是OsLIP5和OsLIP9只在93-11中上调表达,而在日本晴中表达量变化不明显。OsCBF1～OsCBF3的启动子序列在日本晴与93-11之间存在多态性,93-11的启动子序列中包含更多的MYC顺式作用元件。
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外源糖对水稻Ugp1基因表达调控研究
《植物科学学报 》 2011 北大核心 CSCD
摘要：植物尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶(UGPase)是蔗糖合成与降解途径的关键酶。本研究采用水稻叶片离体培养方法,结合Northern杂交技术,研究了外源糖对水稻Ugp1基因表达的影响。研究结果表明,蔗糖、葡萄糖、果糖、光照均能上调水稻Ugp1基因的表达,同时这种上调表达依赖于己糖激酶;果糖能上调水稻成熟叶片中Ugp1基因的表达,但并不影响苗期叶片中Ugp1基因的表达,具组织特异性;葡萄糖和果糖协同作用对Ugp1基因的诱导表达强于蔗糖,这种诱导除依赖于己糖激酶外,还存在其它未知的调控途径。水稻中存在UGPase的多种异构体,蔗糖及光照可诱导水稻Ugp1基因的上调表达,但对水稻UGPase的多种异构体形式并无影响。研究结果将有助于深入了解水稻Ugp1基因与糖信号途径互作调控网络。
关键词： 尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶 水稻 外源糖 糖信号 基因表达
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