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资源类型: 中文期刊
关键词:基因克隆(模糊匹配)
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水稻窄叶突变体nrl2新等位基因的鉴定与功能分析

湖南农业大学学报(自然科学版) 2023 北大核心 CSCD

摘要:以籼型两系不育系Y58S的窄叶突变体nrl2(1)为试验材料,对nrl2(1)突变体材料进行表型、组织学分析,发现该突变体主要表现为叶片变窄且卷曲,维管束发育异常,大、小叶脉数显著减少;遗传分析结果表明,该窄叶表型受1对隐性核基因控制;通过基因精细定位,发现NRL2(1)定位在第3染色体46 000 bp区间内;图位克隆及候选基因验证结果表明该基因是NRL2的等位基因;测序比对结果显示,突变体的第17个外显子由碱基C变为T,对应的氨基酸由谷氨酰胺变为终止密码子,造成翻译提前终止。以nrl2(1)为亲本材料,选育两系不育系,预期可选育出叶片较窄、株型紧凑、分蘖多的新型两系不育系。

关键词: 水稻 窄叶 突变体 基因克隆 基因功能分析

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小飞蓬捕光叶绿素结合蛋白基因CcLhca-J9克隆及表达分析

中国农业科学 2021 北大核心 CSCD

摘要:[背景]恶性杂草小飞蓬(Conyzacanadensis)危害严重,有效治理手段匮乏.植物源羊脂酸可高效抑制小飞蓬光合作用,是一种具有开发潜力的灭生型植物源除草化合物.捕光叶绿素a/b结合蛋白(LHC)是光合系统I(PSI)中重要复合体蛋白,在植物进行光合作用中发挥关键作用.[目的]挖掘羊脂酸抑制小飞蓬的潜在靶标基因,为植物源羊脂酸除草剂的开发提供理论依据.[方法]采用同源克隆和RACE技术从小飞蓬叶片中克隆CcLhca-J9的全长序列,并利用DNAMAN分析其核酸序列特征.在NCBI中搜索LHC的高相似度氨基酸序列,采用邻接法构建系统进化树.利用SWISS-MODEL和ExPaSy在线预测分子量、等电点和蛋白结构.以同源建模结果作为模型,采用AutoDock 4.2软件分析羊脂酸与CcLhca-J9蛋白之间的亲和力.采用实时荧光定量PCR(RT-qPCR)分析羊脂酸和对照药剂阿魏酸及清水处理小飞蓬叶片后CcLhca-J9表达差异.[结果]成功获得小飞蓬CcLhca-J9,基因编码区全长为744 bp,编码247个氨基酸,分子量为26.766 kD,理论等电点为6.43,属于Chloroa_b-bind家族蛋白.系统进化分析表明,CcLhca-J9与除虫菊(GEW73959.1,Tanacetumcinerariifolium)和黄花蒿(PWA35049.1,Artemisiaannua)Lhca蛋白进化程度最为接近,同处于菊科这一分支,一致性超过85%,表明该基因家族保守性较强.CcLhca-J9蛋白二级结构具有螺旋、β转角、延伸链、无规则卷曲;以4y28.1.O(2.80?)为模板进行同源建模,三级结构是单分子物体,具有6个叶绿体a配体,是一个典型的捕光复合物I叶绿素a/b结合蛋白.分子对接显示,羊脂酸与CcLhca-J9蛋白的氨基酸残基Gly68、Phe67、Phe69和Arg197在结合过程中产生了氢键和p-π的作用力.RT-qPCR结果显示,羊脂酸胁迫处理小飞蓬叶片条件下,CcLhca-J9的表达量存在明显差异,药后0—8 h内随时间延长表达量表现出下降的趋势.与对照阿魏酸和清水处理相比,羊脂酸处理抑制了CcLhca-J9的表达.[结论]CcLhca-J9具有典型的捕光叶绿素a/b结合蛋白功能,可能参与了羊脂酸抑制小飞蓬叶片生长过程,是具有开发除草剂潜力的抑草靶标.

关键词: 小飞蓬 光捕获蛋白 基因克隆 分子对接 羊脂酸

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植物SHMT基因家族研究进展

湖南农业科学 2021

摘要:丝氨酸羟甲基转移酶(SHMT)是植物细胞代谢和光呼吸作用的关键酶,对丝氨酸和甘氨酸反应起着催化作用.SHMT基因家族是存在于胞质和线粒体中结构和功能上非常相似的编码SHMT蛋白的一类基因.对SHMT基因在植物体中的分类及表达、SHMT基因的克隆、SHMT基因逆境表达机理及其在植物保护领域中的应用等研究进展进行了综述,旨在为植物SHMT基因家族的功能及其相关应用研究提供参考.

关键词: 丝氨酸羟甲基转移酶(SHMT) 基因克隆 逆境表达 植物保护 综述

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小飞蓬捕光蛋白CcLhca-Z6基因克隆及羊脂酸胁迫下的表达分析

核农学报 2020 北大核心 CSCD

摘要:为了探究羊脂酸对小飞蓬的化感作用,以羊脂酸处理小飞蓬的蛋白质组学数据信息为基础,采用同源克隆和RACE技术克隆了编码CcLhca-Z6基因的完整cDNA序列,利用荧光定量PCR比较了羊脂酸处理后不同时间CcLhca-Z6表达量的差异。结果表明,CcLhca-Z6基因序列全长1 016 bp(Gene Bank序列号为MH512007.1),编码266个氨基酸,分子量为28.14 kDa,理论等电点为5.29;小飞蓬Lhca-Z6蛋白与黄花蒿(PWA84283.1)蛋白进化程度最为接近,处于同一分支,亲缘比较近。RT-qPCR分析结果显示,羊脂酸处理显著影响小飞蓬叶片CcLhca-Z6基因的表达,并随着处理时间的延长呈现先升高后降低的趋势。由此推测,CcLhca-Z6基因可能是小飞蓬响应羊脂酸胁迫的关键基因。本研究结果为进一步探索植物源除草剂羊脂酸的作用机理奠定了基础。

关键词: 小飞蓬 羊脂酸 光捕获蛋白 基因克隆 基因表达

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稻米锌含量的遗传分析与基因克隆研究进展

中国稻米 2020

摘要:锌是人体健康所必需的微量元素之一,水稻是世界上主要的粮食作物,稻米尤其是精米中的锌含量非常低,提高稻米锌含量能有效缓解人体锌缺乏症。本文综述了稻米锌含量的遗传变异,稻米不同部位锌的分布模式、遗传模式、QTL定位、基因克隆及育种进展,为水稻富锌分子育种提供重要参考。

关键词: 稻米 锌含量 QTL定位 基因克隆

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普通野生稻耐冷性研究进展

杂交水稻 2017 北大核心 CSCD

摘要:普通野生稻是栽培稻的近缘种,含有许多特异基因,耐冷性突出,有利于耐冷性水稻品种的培育。综述了普通野生稻耐冷基因的定位与克隆、耐冷生理生化和分子机制及其在水稻耐冷性改良中的应用等研究进展,对今后普通野生稻耐冷性相关研究作了展望。

关键词: 普通野生稻 耐冷性 QTL定位 基因克隆 基因调控 生理生化机制

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灰毡毛忍冬MADS-box基因家族AGL15基因的克隆、生物信息学和表达分析

中草药 2016 北大核心 CSCD

摘要:目的基于前期对灰毡毛忍冬Lonicera macranthoides转录组测序结果,从灰毡毛忍冬RNA中克隆灰毡毛忍冬MADS-box基因家族蕾期延长相关基因AGL15,并对其进行生物信息学及表达分析。方法对灰毡毛忍冬总RNA进行反转录酶链式反应(reverse transcription-PCR,RT-PCR)和c DNA末端快速扩增反应(rapid amplification of c DNA ends,RACE),获得完整的开放阅读框(ORF)。运用生物信息学的方法对该序列进行同源性分析和相似性比较,预测编码蛋白,并对其进行各种理化性质分析。运用半定量PCR测得该基因在灰毡毛忍冬不同部位的表达情况。结果获得AGL15基因,ORF长795 bp,编码264个氨基酸,与葡萄Vitis vinifera中MADS-box基因家族AGL15基因相似性最高,且包含MADS和K-box的保守序列。AGL15蛋白无跨膜区域,定位于细胞质中,在灰毡毛忍冬各部位均有表达。结论首次从灰毡毛忍冬中克隆得到可能控制蕾期延长的基因,分析了其在灰毡毛忍冬不同部位表达差异性,为灰毡毛忍冬蕾期延长研究提供参考。

关键词: 灰毡毛忍冬 蕾期延长 基因克隆 生物信息学分析 基因表达

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甘蓝型油菜GPAT9基因克隆与生物信息学分析

分子植物育种 2016 北大核心 CSCD

摘要:GPAT9基因是参与植物体中油脂代谢的重要基因之一,在甘蓝型油菜中该基因还未被深入研究。为了研究甘蓝型油菜中GPAT9基因,通过查找拟南芥At GPAT9基因(At5G60620),并以At GPAT9基因编号到Brassica Database数据库检索到白菜、甘蓝GPAT9基因序列,然后对拟南芥、白菜和甘蓝GPAT9序列进行比对。根据比对结果设计出一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中克隆得到一条长度为1 131 bp大小的GPAT9 CDs序列,将其命名为Bn GPAT9。Bn GPAT9基因共编码376个氨基酸,相对分子量为43.25 k D,等电点为8.97,不稳定系数为46.46;Bn GPAT9编码的蛋白有三个跨膜结构域,没有信号肽;该蛋白的二级结构中α螺旋为38.03%,β折叠为21.28%,β转角为9.04%,无规则卷曲为31.65%。分析表明:无论核苷酸序列还是氨基酸序列聚类均显示Bn GPAT9与拟南芥、白菜和甘蓝GPAT9亲缘关系近;Bn GPAT9具有溶血磷脂酰基转移酶(LPLAT)的结构域LPCAT1-like和GPAT9特有的活性位点。从序列分析、理化性质分析、二级结构预测、亚细胞定位和功能结构域分析等都表明克隆到的基因为甘蓝型油菜Bn GPAT9基因,属于GPAT基因家族成员。

关键词: 甘蓝型油菜 GPAT9 基因克隆 生物信息学

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东乡野生稻苗期低温诱导表达新基因BGIOSGA013293-DX的过表达载体构建与转化

杂交水稻 2015 北大核心 CSCD

摘要:结合表达谱数据分析,参考公共数据库中的序列信息设计引物,利用RT-PCR技术,从东乡野生稻中获得了1个在低温诱导条件下高表达的螺旋—环—螺旋结构域蛋白基因BGIOSGA013293-DX的全长c DNA,并构建了其过表达载体。序列比对分析表明,该基因位点在93-11中编码308个氨基酸,而在东乡野生稻中编码335个氨基酸,比93-11多27个氨基酸。且这27个氨基酸连续分布在一起,另外还有1个氨基酸的差异。利用农杆菌介导法将BGIOSGA013293-DX转入水稻受体品种93-11,获得了9株过表达转基因水稻植株,经潮霉素抗性标记基因PCR阳性检测和GUS检测,获得的转基因植株为携带BGIOSGA013293-DX的阳性植株。

关键词: 东乡野生稻 苗期耐冷性 基因克隆 螺旋-环-螺旋结构域蛋白

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水稻苗期耐冷性研究进展

杂交水稻 2015 北大核心 CSCD

摘要:低温冷害严重威胁水稻生产,加快水稻耐冷性状的改良、选育耐冷品种对促进水稻高产、稳产具有重要的意义。概述了水稻苗期冷害的鉴定方法与评价指标、苗期耐冷QTL定位、苗期耐冷相关基因克隆和低温胁迫的信号转导等方面的研究进展,并对今后水稻耐冷性研究提出了建议和展望。

关键词: 水稻 苗期耐冷性 QTL定位 基因克隆

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