科研产出
湖北和广西辣椒脉斑驳病毒的检测及 遗传多样性分析
《南方农业学报 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究辣椒脉斑驳病毒(Pepper veinal mottle virus,PVMV)的分布及遗传变异,为明确该病毒在我国的流行扩散分子机制提供理论依据.[方法]利用特异性引物反转录PCR(RT-PCR)检测从湖北宜昌及广西南宁和百色采集的48份疑似感染PVMV的辣椒样本;采用常规Sanger测序测定PCR产物序列,序列采用MEGA 5.0构建系统发育进化树,采用RDP等算法分析其可能的重组事件;采用DnaSP v5分析病毒株系不同群体之间的基因流及基因差异.[结果]从48份辣椒样本中检测到5份样本被PVMV侵染,检出率10.42%.基因同源性比对分析结果表明,测定的PVMV湖北和广西分离物CP基因序列同源性在97.00%以上,与其他地区分离物的同源性为91.73%~98.78%.系统发育分析表明,湖北(YC)和广西(NN)PVMV分离物与我国台湾PVMV分离物的亲缘关系最近.重组分析表明,PVMV广西分离物NN10有2个重组事件.[结论]湖北和广西辣椒的PVMV检测结果表明,该病毒已扩散至湖北和广西;基因突变可能是PVMV湖北分离物遗传变异的主要方式之一;而基因重组和基因突变可能是PVMV广西分离物遗传变异的重要因子.
关键词： 辣椒脉斑驳病毒 RT-PCR 系统发育分析 重组 湖北 广西
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湖南和福建辣椒上辣椒脉斑驳病毒的检测及系统发育分析
《江苏农业科学 》 2016 北大核心
摘要：辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV),目前在我国仅有在海南黄灯笼辣椒上严重危害的报道。利用湖南省和福建省采集的辣椒样本,检测辣椒ChiVMV的检出率,并克隆ChiVMV的CP基因序列,用邻近法构建了系统进化树,分析其遗传进化情况。结果表明,辣椒的ChiVMV省检出率湖南省为25%,福建省为20%;克隆了湖南省和福建省ChiVMV CP基因各1个,系统发育表明,湖南省和福建的ChiVMV株系与源于韩国ChiVMV株系聚在一个亚簇,而与我国其他地区ChiVMV亲缘关系较远,表明侵染辣椒的ChiVMV在我国进一步扩展,且存在遗传分化趋势。
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