多肽一级结构表征与抗菌肽QSAM建模

苏满秀; 王立峰; 代志军; 袁哲明; 柏连阳; 《高等学校化学学报 》 2012 SCI 北大核心

摘要：从整体上考虑多肽一级结构,提出了3种仅基于多肽氨基酸序列、计算简便、适于不等长肽和可捕获多肽上下文关联特征的多肽新描述子,即地统计学关联(GS-AA531)描述子、多尺度组分与关联(MSCC)描述子和地统计学关联与多尺度组分(GS-AA531-MSC)描述子.将其应用于2个抗菌肽体系(等长肽与不等长肽)的结构表征,并以支持向量回归建立QSAM模型.模型的拟合、留一法及独立测试结果表明,结合特征筛选的新描述子GS-AA531与GS-AA531-MSC的预测精度明显稳定且优于其它参比描述子,在多肽QSAM研究中具有广泛应用前景.

关键词： 结构表征 定量序效模型 抗菌肽 支持向量回归 特征筛选