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多肽一级结构表征与抗菌肽QSAM建模

文献类型： 中文期刊

作者： 苏满秀 1 ; 王立峰 1 ; 代志军 1 ; 袁哲明 1 ; 柏连阳 1 ;

作者机构： 1.湖南农业大学湖南省作物种质创新与资源利用重点实验室;湖南农业大学生物安全科学技术学院

关键词： 结构表征;定量序效模型;抗菌肽;支持向量回归;特征筛选

期刊名称： 高等学校化学学报

ISSN： 0251-0790

年卷期： 2012 年 11 期

页码： 2526-2531

收录情况： SCI ; 北大核心

摘要： 从整体上考虑多肽一级结构,提出了3种仅基于多肽氨基酸序列、计算简便、适于不等长肽和可捕获多肽上下文关联特征的多肽新描述子,即地统计学关联(GS-AA531)描述子、多尺度组分与关联(MSCC)描述子和地统计学关联与多尺度组分(GS-AA531-MSC)描述子.将其应用于2个抗菌肽体系(等长肽与不等长肽)的结构表征,并以支持向量回归建立QSAM模型.模型的拟合、留一法及独立测试结果表明,结合特征筛选的新描述子GS-AA531与GS-AA531-MSC的预测精度明显稳定且优于其它参比描述子,在多肽QSAM研究中具有广泛应用前景.

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