科研产出
南瓜嫁接提高冬瓜枯萎病抗性的转录组分析
《热带生物学报(中英文) 》 2025
摘要：为解析南瓜(Cucurbita spp.)嫁接提高冬瓜(Benincasa hispida(Thunb.)Cogn.)枯萎病抗性的分子机制,本研究以'海砧 1号'南瓜、'铁柱 2号'冬瓜作为材料,采用插接法嫁接或自接(自接指砧木与接穗均来自同一种材料)获得嫁接冬瓜(GW)、自接冬瓜(SW)和自接南瓜(SP)3种幼苗,将其种植在 8.0×105 CFU·g-1 尖孢镰刀菌接菌浓度土壤中,以 0 CFU·g-1 接菌浓度土壤为对照,培养 5天后采集根部和叶片样品进行转录组测序,分析差异表达基因.结果表明,在叶片与根部中分别筛选出284个与2个潜在的抗病基因.对其进行GO与KEGG分析发现,苯丙烷生物合成是嫁接冬瓜叶片与根部共有的代谢通路;利用DRAGO 3对潜在抗病基因进行结构域预测,预测出 16个与植物抗病相关的基因,主要与模式触发免疫(pattern-triggered immunity,PTI)途径有关;对叶片与根部中所有转录组序列进行转录因子(Transcription factor,TF)分析,分别鉴定出2 828个和 5 426个差异表达TFs,其中,共有的大量转录因子集中在MYB、b HLH、ERF与NAC等转录因子家族上.综上可推测,苯丙烷生物合成、MYB、b HLH、ERF与NAC等转录因子在防御尖孢镰刀菌侵染上发挥重要作用.
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拟南芥和番茄斑萎病毒NSs蛋白互作的转录组分析
《分子植物育种 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了研究番茄斑萎病毒NSs蛋白在番茄斑萎病毒与植物互作中发挥的作用，本研究以转NSs基因拟南芥和生态型拟南芥为研究对象，使用Illumina RNA-seq测序平台进行转录组测序，利用生物信息学方法分析NSs对植物转录水平影响。结果显示，转基因和生态型拟南芥共有1 258个差异表达基因。其中966个差异表达基因富集到Gene Ontology (GO)，主要涉及细胞组分、代谢过程和酶活性等功能。517个差异表达基因富集到KEGG通路中，NSs主要降低了苯丙烷生物合成、植物激素信号转导、植物病原体相互作用等通路基因的表达，这些通路都与植物防御病原微生物侵染相关。101个差异表达基因被鉴定为转录因子，分属于39个转录因子家族，包括调控苯丙烷生物合成的MYB家族和调控生长素信号转导AUX/IAA转录因子家族。研究发现，NSs蛋白与拟南芥的互作是一个复杂的过程，NSs影响了拟南芥的次生代谢、激素调节、防御反应等多项生物功能，这为后续深入研究NSs在番茄斑萎病毒与宿主植物互作中发挥的作用以及番茄斑萎病毒的防治提供参考依据。
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