科研产出
大豆TrxG基因家族鉴定及表达模式分析
《广西植物 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为探究TrxG(trithorax group)基因在大豆中的分布及响应大豆非生物胁迫的调控机制，该文通过生物信息学方法和实时荧光定量PCR技术对大豆GmTrxG基因家族成员的理化性质、系统进化关系、结构域组成、基因表达情况进行了分析。结果表明：(1)在大豆中共鉴定到15个GmTrxG基因家族成员，编码氨基酸长度为982～2 394 aa的亲水性蛋白。(2)GmTrxG蛋白成员可被细分为3个亚族，并且每个亚族成员均含有1个SET结构域。(3)绝大多数GmTrxG基因在大豆茎尖、叶、花中的表达量较高。(4)GmSDG2a/b/c/d基因在高温、干旱胁迫下持续高表达；GmSDG2b/c和GmSDG14c受低温胁迫诱导表达；GmSDG2a/b、GmSDG14c和GmSDG25a/b受盐害胁迫表达上调。(5)大多数GmTrxG基因在茉莉酸(JA)和水杨酸(SA)激素处理下表达上调。由此可见，GmTrxG基因受到不同非生物胁迫的差异调控，成员GmSDG2a/b/c/d、GmSDG14c和GmSDG25a/b可能在大豆非生物胁迫响应中发挥重要作用。该研究结果为进一步探究大豆GmTrxG基因家族成员的生物学功能提供了科学依据。
关键词： 大豆 GmTrxG基因家族 非生物胁迫 激素诱导 表达模式
全文链接
请求原文
猕猴桃Hsp90家族全基因组鉴定与表达分析
《安徽农业大学学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：本研究旨在鉴定猕猴桃AcHsp90基因家族成员，为进一步研究AcHsp90基因的生物学功能和耐热机理奠定基础。利用生物信息学软件的方法，对猕猴桃AcHsp90基因家族成员进行鉴定和系统分析。结果表明，从猕猴桃全基因组中共鉴定出10个AcHsp90基因。基因结构和系统发育分析将AcHsp90基因分为4个类群，同一组中的AcHsp90基因具有相似的基因结构和保守结构域基序。AcHsp90基因的启动子区存在多种非生物胁迫相关顺式元件和激素反应性顺式元件。共线性分析发现AcHsp90基因存在4对片段重复事件。热胁迫表达模式的分析结果表明，AcHsp90基因在热敏型品种‘红阳’和耐热型品种‘华特’的根、茎、叶器官中均有显著性表达，但相对表达水平存在差异；与热敏型品种‘红阳’相比，耐热型品种‘华特’在热胁迫下大部分AcHsp90基因表达的峰值是滞后的。猕猴桃AcHsp90基因家族成员具有结构多样性和进化保守性，他们在热胁迫条件下表现出显著性表达模式，这意味着它们广泛参与了猕猴桃获得耐热性的过程。
关键词： Hsp90基因家族 猕猴桃 热应激 表达模式 全基因组分析
全文链接
请求原文
水稻miR156-SPL调控模块的生物信息学及高温胁迫下的表达
《应用与环境生物学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为解析miR156基因家族的进化特征、组织特异表达及其在水稻（Oryza sativa）应答高温胁迫下的调控作用，通过生物信息学对水稻osa-miR156家族进行鉴定，分析了miR156家族成员数量、染色体定位、序列特征、系统发育进化及其候选靶基因；基于psRNATarget数据库、结合降解组测序预测miR156l的靶基因，并利用qRT-PCR分析高温胁迫下osa-miR156l-5p及其靶基因的表达情况.结果表明，osa-miR156家族含有18条前体序列和25条成熟体序列，每条pre-MiR156前体序列均能形成稳定的茎环二级结构，其最小折叠自由能在-43.30-62.60 kal/mol范围；osa-miR156家族成员包括5个分支，与玉米（Zea mays）、大麦（Hordeum vulgare）的亲缘关系较近；水稻OsSPL家族成员共19个，在第2、6、8号染色体上的数量分布最多，均为3个，且OsSPL基因在水稻基因组中存在5对片段重复基因对；osa-MiR156前体基因启动子区域含生长发育、激素、应激响应等相关顺式作用元件，osa-miR156及其靶基因OsSPL家族成员在水稻不同组织中的表达均存在明显差异；靶基因预测显示，osa-miR156l的靶基因为OsSPL14、OsSPL16和OsSPL18，且osa-miR156l在与靶基因互补的第12个核苷酸处裂解靶标mRNA. qRT-PCR分析发现，高温胁迫下osa-miR156l-5p的表达水平呈先下降后上升再下降趋势，与靶基因OsSPL16表达呈负调控关系.本研究表明植物miR156家族序列特征具有高度保守性，水稻miR156-SPL途径可能在应答高温胁迫中起着重要的调控作用.（图9参34）
全文链接
请求原文
水稻B3转录因子OsL1的生信分析及表达模式
《分子植物育种 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：B3转录因子是植物特有的转录因子,与植物花形态建成、激素信号转导、种子生长发育及植物逆境胁迫响应密切相关。前期研究中,利用穗发育芯片筛选到一个OsL1基因。生物信息学分析发现,OsL1基因位于水稻4号染色体,基因全长4 262 bp,编码433个氨基酸,蛋白分子量为48.7 kD,序列比对和系统发育分析表明Os L1属于B3家族转录因子,不含信号肽剪切位点和跨膜结构域,亚细胞定位于细胞核。启动子序列分析发现,该基因启动子中含有8个光响应元件及部分激素响应元件。实时PCR分析发现OsL1在水稻根、茎、叶、和穗中均有表达,其中在根和穗发育7期表达量较高,进一步克隆Os L1启动子区域,构建pCAMBIA1301-OsL1-GUS表达载体,遗传转化并鉴定获得转基因植株,The previous study在水稻根、茎、叶、和穗中均检测到了GUS信号,表明OsL1属于组成型表达。以上结果为深入研究OsL1基因在水稻生长发育过程的生物学功能提供了科学依据。
全文链接
请求原文
水稻BBX基因家族生物信息学及表达模式分析
《分子植物育种 》 2020 北大核心 CSCD
摘要：BBX家族是植物中一类重要的光温响应转录因子,在调节植物生长发育、光形态建成以及响应环境逆境等方面发挥重要作用.为揭示该家族相关分子特征以及表达模式,本研究采用生物信息学与转录组学相结合的方法,对水稻BBX基因结构、蛋白基序以及响应激素与非生物逆境的表达模式进行了系统研究.基因结构分析发现该家族基因整体长度较小,大部分在4 kb以内;蛋白氨基酸序列分析发现主要含有6种氨基酸基序类型,其中氨基酸基序2是构成该家族的基本基序.通过组织时空表达分析发现,该家族表现出较强的组织特异性和光周期性;通过基因芯片激素处理的数据分析,水稻BBX家族的表达水平在整体上对脱落酸(ABA)和茉莉酸(JA)处理下表达变化显著,在赤霉素(GA)处理下表达差异不显著;通过高温、干旱、盐等逆境处理后的转录组测序分析,发现该家族多数成员对逆境的响应变化差异不大,少数基因表达差异显著,具有多样化和特异性.综上表明,水稻BBX家族基因组层面的分子特征具有相似性和保守性,响应激素和逆境的表达水平多样化,暗示该家族可能参与了多种逆境响应途径.
全文链接
请求原文
普通油茶两个Δ-12脂肪酸脱氢酶基因序列特征及表达模式研究
《林业科学研究 》 2016 北大核心 CSCD
摘要：[目地]研究普通油茶油脂成分形成的调控机制。[方法]通过转录组测序获得2条普通油茶Δ-12脂肪酸脱氢酶基因序列,分别命名为Cofad6和Cofad2-2,并对这两个基因及其编码蛋白的序列特征进行比较,对其基因表达量与脂肪酸成分含量的相关性进行分析。[结果]Cofad6基因c DNA编码区全长1 347 bp,编码448个氨基酸;Cofad2-2基因c DNA编码区全长1 152 bp,编码383个氨基酸。经比对,Co FAD6蛋白与其余物种FAD6蛋白有65.7%83.68%的氨基酸同源,Co FAD2-2与浙江红花油茶FAD2-2蛋白有99.22%的氨基酸同源,与其余物种的蛋白质78.59%81.72%同源。蛋白质二级结构分析表明,Co FAD6和Co FAD2-2均具有一个脂肪酸去饱和酶结构域,属于脂酰-Co A去饱和酶基因家族;两者均为跨膜蛋白,且Co FAD2-2具有定位于内质网的保守模序。定量PCR检测发现,在普通油茶‘长林4号’无性系未成熟种子中,Cofad6表达量随着种子发育先升高后降低,而Cofad2-2基因随着种子发育表达量逐渐降低,与种子油脂中亚油酸、亚麻酸含量变化趋势呈显著正相关,与油酸含量变化呈显著负相关。[结论]推测Cofad2-2基因是调控普通油茶种子油脂中油酸和亚油酸含量的关键基因之一,该研究为普通油茶油脂改良基因工程育种奠定了基础。
关键词： 普通油茶 Δ-12脂肪酸脱氢酶基因 表达模式 实时定量PCR
全文链接
请求原文
首页上一页1下一页尾页
