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基于全基因组SNP高效鉴定水稻种质资源并构建指纹图谱

文献类型： 中文期刊

作者： 李梓榕 1 ; 袁雄 1 ; 陈叶 1 ; 郑兴飞 1 ; 胡中立 1 ; 李兰芝 1 ;

作者机构： 1.湖南农业大学农业大数据分析与决策工程技术研究中心;武汉大学杂交水稻国家重点实验室;湖南杂交水稻研究中心杂交水稻国家重点实验室

关键词： 水稻;单核苷酸多态性;DNA指纹图谱;品种身份证

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 018 期

页码： 6050-6057

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为加强水稻种质资源的管理及保护,针对SNP鉴定费用昂贵的缺陷,本研究发展了一种快速筛选单核苷酸多态性(SNP)标记构建DNA指纹图谱的方法.本研究首先采用"分而治之"和"贪婪"的组合策略从全基因组SNP标记中筛选出可鉴定全部参试材料的SNP组合,再通过程序循环精简其中的SNP标记,用少量的SNP标记构建指纹图谱.利用该方法对117个水稻种质SNP标记进行筛选,最少用12个SNP标记可完全鉴定该套种质.为提高种质鉴定的容错能力,进一步采用由39个核心SNP标记组成的SNP并集组合构建指纹图谱.本研究为精简SNP构建指纹图谱提供了新的有效途径,构建的种质指纹图谱结果亦可为水稻种质资源鉴定提供一定参考.

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