文献类型: 中文期刊
作者: 谭炎宁 1 ; 余东 1 ; 盛夏冰 1 ; 康伟伟 1 ; 李哲理 1 ; 段美娟 1 ; 袁定阳 1 ;
作者机构: 1.湖南杂交水稻研究中心杂交水稻国家重点实验室;湖南农业大学生物科技学院;湖南农业大学农学院
关键词: 基因定位;质量性状基因;特异性位点扩增片段测序(SLAF-seq);分群分析法(BSA);水稻
期刊名称: 农业生物技术学报
ISSN: 1674-7968
年卷期: 2020 年 03 期
页码: 381-388
收录情况: 北大核心 ; CSCD
摘要: 将传统分群分析法(bulk segregant analysis, BSA)与全基因组特异性位点扩增片段测序手段(specific-locus amplified fragment sequencing, SLAF-seq)深度整合的SLAF-seq BSA技术为快速定位质量性状基因提供了可能。然而,对这一技术的定位准确性程度却少有报道。本研究以水稻(Oryza sativa)黄化转绿基因grc2 (green-revertible chlorina, grc2)为对象,分析了SLAF-seq BSA定位结果与传统图位定位结果的差异。首先,通过简化基因组测序获得了在'grc2'突变体和正常叶色水稻'Y58S'之间表现出单核苷酸多态性的5 302个SLAF标记;然后,利用Y58S/grc2的F2群体中的100个野生型单株和100个突变型单株构建了两个极端混池,再通过自动化计算各SLAF标记在极端混池中的父母本基因型频率,筛选到了符合在0.01水平满足父本('grc2')、母本('Y58S')基因型在野生型混池中为33∶66且在突变型混池中为99∶1的关联标记共13个,这些标记集中分布在Chr06前臂的0.98~1.21 Mb与1.57~1.99 Mb两个相邻区域。经连锁分析发现,第1区域的关联标记AM1、AM6与grc2基因的遗传距离仅为0.625和0 cM;将关联标记比对至日本晴参考基因组后,发现第1关联区域恰好覆盖了grc2基因的传统定位区间,表明SLAF-seq BSA的定位结果具有参考价值。本研究结果为支撑SLAF-seq BSA能快速关联质量性状基因提供了证据。
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