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玉米木质形成素类AGP蛋白基因家族的生物信息学分析

文献类型: 中文期刊

作者: 胡颖 1 ;

作者机构: 1.杂交水稻国家重点实验室武汉大学

关键词: 玉米;木质形成素;阿拉伯半乳糖蛋白;理化性质;结构特征

期刊名称: 生物技术

ISSN: 1004-311X

年卷期: 2016 年 04 期

页码: 353-358

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: [目的]鉴定玉米木质形成素类AGP蛋白(Xylogen-like arabinogalactan protein,XYLP)基因家族成员,并预测分析其理化性质、蛋白结构和系统发生树。[方法]采用生物信息学方法鉴定玉米XYLP成员,对其蛋白的理化性质、疏水性、亚细胞定位、系统发生树、结构域、蛋白质二/三级结构等方面进行预测和分析。[结果]从玉米基因组中共鉴定出16个ZmXYLPs基因;其蛋白产物全长在126~304氨基酸之间,理论等电点在5.53~9.18之间,不稳定系数在25.19~55.66之间,平均疏水指数在-0.098~0.698之间,主要定位在质膜上;二级结构均由α螺旋、无规则卷曲和延伸链组成,但是三级结构各不相同。[结论]ZmXYLPs多数是定位在质膜上的疏水稳定性蛋白,其中13个ZmXYLPs和At XYLPs分别聚在两个独立进化分支中。ZmXYLPs二级结构元件的比例和相继次序各不相同,其聚合角度和空间相邻关系也存在明显差异。

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