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甘薯杆状病毒湖南分离物基因组全序列测定及比较分析

文献类型： 中文期刊

作者： 黄艳岚 1 ; 张超凡 2 ; 邹学校 3 ;

作者机构： 1.湖南农业大学园艺园林学院

2.湖南省作物研究所

3.湖南农业大学

关键词： Small RNA测序;杆状病毒;甘薯杆状病毒;全基因序列;序列分析

期刊名称： 植物病理学报

ISSN： 0412-0914

年卷期： 2019 年 49 卷 06 期

页码： 790-798

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用Small RNA测序技术对采自湖南的甘薯杆状病毒进行鉴定,获得与SPBV-B序列具有相似性的contigs 161个。首先设计小片段引物,PCR扩增分离出706 bp的目的片段,与SPBV-B (FJ560944)相似性为78%。分段设计引物,进行基因全序列PCR扩增。引物组合SPBV-BF1/R1、SPBV-BF2/R4和SPBV-BF5/R5分别扩增出3 150、2 900和3 500 bp目的条带。序列拼接获得2个SPBV-B基因组全序列,大小分别为7 894 bp(MK052980)和7 981 bp(MK052981),包含完整编码阅读框。进化分析表明MK052980和MK052981与SPPV聚为同一分支,与SPPV相似性分别为81%和83%,与SPBV-B相似性分别为86%和94%。MK052980和MK052981具有89.5%的相似性。经编码阅读框氨基酸序列比对,MK052980序列的ORF3a氨基酸序列存在变异。这是国内首次报道SPBV-B全基因序列。

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