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水稻三结构域多铜氧化酶基因家族生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 谭炎宁 1 ; 张超 1 ; 殷小林 1 ; 何强 1 ; 肖应辉 1 ; 邓华凤 1 ;

作者机构： 1.湖南农业大学农学院;湖南杂交水稻研究中心杂交水稻国家重点实验室;湖南大学研究生院隆平分院

关键词： 水稻;多铜氧化酶;基因家族;结构域;生物信息学分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2019 年 05 期

页码： 1385-1392

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 三结构域多铜氧化酶是生物体内非常重要的金属氧化酶,对机体生长和发育具有重要影响。为了系统地了解水稻三结构域多铜氧化酶基因家族的基本情况,本研究运用生物信息学方法对其成员进行了预测和分析;研究发现,以拟南芥三结构域多铜氧化酶基因At5g21105为靶序列,利用BlastP为工具在水稻基因组中共搜索到38个同源基因;这些基因的蛋白产物都依次含有Cu-oxidase_3、Cu-oxidase和Cu-oxidase_2三种结构域,各结构域中含有铜离子结合位点,二级结构具有α-螺旋和β-转角等基本特征,特推断它们都属于三结构域多铜氧化酶家族成员;进一步地,根据同源性程度将水稻多铜氧化酶基因家族成员划分为ClassⅠ和ClassⅡ两个亚家族,其中ClassⅠ包含31个基因,ClassⅡ包含7个基因。这些研究结果为进一步研究水稻多铜氧化酶基因家族成员的功能提供了参考依据。

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