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甘蓝型油菜GPAT9基因克隆与生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘少锋 1 ; 邬贤梦 2 ; 官春云 3 ; 熊兴华 4 ;

作者机构： 1.湖南农业大学作物基因工程湖南省重点实验室国家油料改良中心湖南分中心

2.湖南省作物研究所

3.湖南农业大学油料作物研究所

4.作物基因工程湖南省重点实验室

关键词： 甘蓝型油菜;GPAT9;基因克隆;生物信息学

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2016 年 12 期

页码： 3282-3288

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： GPAT9基因是参与植物体中油脂代谢的重要基因之一,在甘蓝型油菜中该基因还未被深入研究。为了研究甘蓝型油菜中GPAT9基因,通过查找拟南芥At GPAT9基因(At5G60620),并以At GPAT9基因编号到Brassica Database数据库检索到白菜、甘蓝GPAT9基因序列,然后对拟南芥、白菜和甘蓝GPAT9序列进行比对。根据比对结果设计出一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中克隆得到一条长度为1 131 bp大小的GPAT9 CDs序列,将其命名为Bn GPAT9。Bn GPAT9基因共编码376个氨基酸,相对分子量为43.25 k D,等电点为8.97,不稳定系数为46.46;Bn GPAT9编码的蛋白有三个跨膜结构域,没有信号肽;该蛋白的二级结构中α螺旋为38.03%,β折叠为21.28%,β转角为9.04%,无规则卷曲为31.65%。分析表明:无论核苷酸序列还是氨基酸序列聚类均显示Bn GPAT9与拟南芥、白菜和甘蓝GPAT9亲缘关系近;Bn GPAT9具有溶血磷脂酰基转移酶(LPLAT)的结构域LPCAT1-like和GPAT9特有的活性位点。从序列分析、理化性质分析、二级结构预测、亚细胞定位和功能结构域分析等都表明克隆到的基因为甘蓝型油菜Bn GPAT9基因,属于GPAT基因家族成员。

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