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基于SNP芯片的油菜核心种质遗传多样性分析

文献类型： 中文期刊

作者： 张瑶婷 1 ; 王同华 2 ; 郭一鸣 2 ; 刘新红 2 ; 李宝 2 ; 李莓 1 ;

作者机构： 1.湖南大学研究生院隆平分院

2.湖南省作物研究所湖南省杂交油菜工程技术研究中心

关键词： 油菜;近缘种品系;单核苷酸多态性（SNP）;遗传多样性;聚类分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2023 年 006 期

页码： 1913-1919

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为揭示湖南省油菜种质资源库中核心种质的遗传多样性，本研究利用油菜组60K基因芯片对266份甘蓝型油菜品系及其10份近缘种品系10份进行全基因组SNP位点分析，原始数据通过Visual Basic软件筛选，利用Powermarker软件计算SNP位点PIC值和供试材料的遗传距离、聚类分析。结果表明：根据SNP标记缺失率和染色体分布均匀度共筛选到24 593个SNP位点，平均每条染色体分布1 294个多态性位点，位点的Nei’s基因多样性指数（H）、主要等位基因频率（MAF）和多态性信息含量（PIC）平均值分别为0.401、0.688 3、0.316;276份供试材料间遗传距离在0.000 1～0.477之间，平均为0.329 6,Kinship值为0的占71.49%；供试材料可分成5个大类，其中最大类（含有250份种质）又可分为9个亚类，供试材料的类群分布与种质类型、地理来源一致。研究结果表明供试育种亲本种质遗传多样性丰富，可更客观反映供试材料的亲缘关系，为种质资源的育种利用提供理论依据。

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