科研产出
辣椒疫霉拮抗菌Y4-39全基因组测序与分析
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】解析辣椒疫霉拮抗菌Y4-39的全基因组序列信息，阐明其防病促生机制，为其开发和应用提供理论依据。【方法】采用三代牛津纳米孔测序（ONT）和二代测序平台（BGISEQ）相结合的方法，对从黑水虻肠道分离获得的对辣椒疫霉具有较强抑制活性的贝莱斯芽孢杆菌（Bacillus velezensis）Y4-39进行全基因组测序、组装、基因预测和功能注释，并进行比较基因组学分析，从全基因组水平挖掘菌株Y4-39的次生代谢产物合成基因簇。【结果】菌株Y4-39全基因组大小为3891759 bp,GC含量46.67%，编码3713个蛋白基因，27个rRNA和86个t RNA基因，不含质粒。基于全基因组序列构建的B. velezensis系统发育进化树可分为5个亚群，亚群间的平均核苷酸一致率（ANI）大于97%，亚群内各菌株之间ANI大于98%。预测得到12个潜在的次生代谢产物合成基因簇，包括表面活性素、大环内酰亚胺H、bacillaene、芬枯草菌素、地非西丁、杆菌素和杆菌溶素等抑菌活性物质，同时还存在5个产物未知的次生代谢产物合成基因簇。【结论】贝莱斯芽孢杆菌种内存在一定程度的分化。菌株Y4-39基因组含有多个次生代谢产物合成基因簇，具有合成多种抑菌活性物质的能力，具有较好的应用前景。
关键词： 贝莱斯芽孢杆菌 全基因组测序 比较基因组分析 次生代谢产物
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水稻外源DNA导入变异系与受体的农艺性状差异及其基因变异分析
《杂交水稻 》 2013 北大核心 CSCD
摘要：野威B是将小粒野生稻基因组DNA通过穗茎注射法导入杂交水稻保持系V20B后创造的变异系,其在株型、稻米品质和产量相关性状上都发生了明显变化。通过全基因组测序,比较分析了野威B与V20B中27个可能与变异性状有关的基因,发现野威B在与株型相关的基因中存在21个SNP和30个InDel,其中有10个SNP和4个InDel位于编码序列;在稻米品质相关的基因中存在124个SNP和28个InDel,其中25个SNP位于编码序列;在产量相关基因中存在65个SNP和42个InDel,其中有10个SNP和2个InDel位于编码序列。位于编码序列的变异中,有24个SNP为错义突变,导致部分编码氨基酸的极性或电荷状态改变,有4个InDel变异为移码突变,导致编码的氨基酸序列改变。为寻找引起变异系野威B表型变化的关键基因及位点提供依据。
关键词： 水稻 外源DNA导入 穗茎注射法 基因变异 全基因组测序
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