生菜HSF基因家族的全基因组鉴定与表达分析

陈丽; 范双喜; 《湖南农业大学学报(自然科学版) 》 2024 北大核心 CSCD

摘要：利用生菜的全基因组数据,采用生物信息学方法,从生菜中鉴定出了 35个LsHSF基因,按照其在染色体上的分布顺序命名为LsHSF1,LsHSF2,…,LsHSF35,并对其理化性质、染色体定位、与拟南芥的进化关系、蛋白保守基序、组织表达水平及褪黑素处理后高温条件下的表达量进行分析.亚细胞定位预测分析结果显示,除LsHSF11、LsHSF17定位在叶绿体,LsHSF34定位在液泡外,其余基因都定位在细胞核中;35 个LsHSF基因不均等地分布在 9条染色体上;蛋白保守基序预测分析结果显示,所有LsHSF基因都含有Motif 1 与Motif 2,且存在紧密联系;系统发育树分析结果表明,HSF蛋白分为A、B和C共 3组,被划分为 14个主要亚家族;组织表达水平分析结果表明,HSF等基因具有特异性表达模式;高温处理能够刺激HSF基因家族成员的表达.

关键词： 生菜 LsHSF基因 全基因组 高温胁迫