水稻特大穗恢复系R1126的穗部性状遗传基础剖析

孙平勇; 何强; 舒服; 邓华凤; 《杂交水稻 》 2013 北大核心 CSCD

摘要：结合全基因组重测序结果和已克隆基因信息分析了水稻特大穗恢复系R1126穗部性状相关基因(Gn1a、LP、Ghd7、Ghd8)的编码区序列,同日本晴相比,R1126的Gn1a基因有1个InDel和3个SNP变异,导致了编码的蛋白产物差异,可增加每穗总粒数,LP基因编码区发生了1个同义突变;R1126的Ghd7、Ghd8基因与明恢63一致。利用穗部性状差异明显的黄华占和R1126为亲本构建F2群体,对R1126穗部性状QTL进行初步定位,定位到4个控制每穗总粒数、3个控制穗长、1个控制一次枝梗数和4个控制二次枝梗数的QTL。其中,第8染色体RM80—RM447区间的贡献率最大,对一次枝梗数、穗长、二次枝梗数和每穗总粒数的贡献率分别达56.67%,49.89%,10.31%和9.67%;其次是第4染色体RM303—RM6748区间,对二次枝梗数和每穗总粒数的贡献率分别为11.95%和7.21%;第3染色体SFP3_3—RM1164区间对二次枝梗数和每穗总粒数的贡献率分别达11.61%和8.09%。

关键词： 水稻 穗部性状 全基因组重测序 基因比对 编码序列 QTL定位